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compbio-galaxy-wrappers:OHSU Galaxy包装纸
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2021-04-02
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OHSU CompBio工具 一套由银河包裹的工具。 add_af:将AF和DP批注添加到VCF中的SAMPLE列中。 注意:这是一段旧代码,需要拆分为各个组成部分并重新编写。 add_hotspots:如果您在特定的基因组位点强制进行了变体调用,这将使您可以将热点VCF与非热点VCF合并。 主要用于处理碰撞,并应用FILTER列注释。 annotate_vcf_with_bed:给定基本的BED文件,注释与所述BED文件中定义的区域重叠的VCF变量的任何实例。 将应用FILTER列注释。 breakdancer:检测结构变异。 ( )( ) cnv_ptrl:用于CNV调用的包装程序,用于扩增子测序数据。 ( ) 从Jaclyn: 该目录包含一个指向UCSC的pcawg_tools存储库的指针。 要正确设置此存储库,您将需要在存储库中添加一个子模块。 如果尚未分叉
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compbio-galaxy-wrappers:OHSU Galaxy包装纸 (1347个子文件)
picard_ARRG_output3.bam.bai 336B
picard_fastq_to_sam_out1.bam.bai 16B
picard_fastq_to_sam_out2.bam.bai 16B
add_nfsv4_permissions.xml.bak 1KB
add_nfsv4_permissions.sh.bak 783B
testt_sorted.bam 4.56MB
testn_sorted.bam 4.29MB
picard_MergeSamFiles_test1.bam 648KB
left-align-input.bam 363KB
left-align-output.bam 357KB
picard_FastqToSam_test1.bam 274KB
picard_MergeSamFiles_input3.bam 219KB
picard_SamToFastq.bam 213KB
picard_RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar_test1.bam 212KB
picard_ReorderSam_test1.bam 212KB
picard_ReplaceSamHeader_test1.bam 212KB
picard_SortSam_test1.bam 212KB
picard_RevertSam_test1.bam 211KB
picard_MergeSamFiles_input2.bam 208KB
picard_ReplaceSamHeader_header.bam 208KB
picard_RevertSam.bam 207KB
picard_RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar.bam 207KB
picard_SortSam.bam 207KB
picard_ReplaceSamHeader.bam 207KB
picard_EstimateLibraryComplexity.bam 207KB
picard_MergeSamFiles_input1.bam 207KB
picard_ValidateSamFile.bam 207KB
picard_ReorderSam.bam 207KB
picard_QualityScoreDistribution.bam 207KB
htseq-test-paired.bam 194KB
htseq-test_samout.bam 66KB
htseq-test.bam 65KB
picard_CollectWgsMetrics.bam 43KB
picard_CollectRnaSeqMetrics.bam 43KB
freebayes-phix174.bam 40KB
picard_ARRG_test1.bam 39KB
picard_CleanSam_test1.bam 38KB
picard_AddCommentsToBam_test1.bam 38KB
picard_CollectBaseDistributionByCycle.bam 37KB
picard_CollectInsertSizeMetrics.bam 37KB
picard_AddCommentsToBam.bam 37KB
picard_ARRG.bam 37KB
picard_DownsampleSam.bam 37KB
picard_CollectGcBiasMetrics.bam 37KB
picard_CASM.bam 37KB
picard_CleanSam.bam 37KB
kallisto_pseudo_out5.bam 30KB
kallisto_quant_out5.bam 30KB
picard_MarkDuplicatesWithMateCigar_test1.bam 25KB
picard_MarkDuplicates_test1.bam 25KB
picard_MergeBamAlignment_test1.bam 25KB
picard_FixMateInformation_test1.bam 25KB
picard_MarkDuplicatesWithMateCigar.bam 25KB
kallisto_quant_out4.bam 24KB
picard_MeanQualityByCycle.bam 24KB
picard_MarkDuplicates.bam 24KB
picard_MergeBamAlignment_aligned.bam 24KB
picard_FixMateInformation.bam 24KB
picard_FilterSamReads.bam 24KB
picard_MergeBamAlignment_unaligned.bam 24KB
picard_FilterSamReads_exclude_reads_test2.bam 20KB
rnastar_test_mapped_reads.bam 6KB
rnastar_test2_mapped_reads.bam 6KB
picard_DownsampleSam_test1.bam 5KB
picard_FilterSamReads_include_reads_test1.bam 5KB
3unsorted.bam 2KB
3unsorted.bam 2KB
gatk_table_recalibration_out_1.bam 1KB
picard_RS_input3.bam 1KB
srma_in3.bam 1KB
tagBed_result1.bam 1KB
picard_RS_output1.bam 1012B
picard_RS_input1.bam 999B
gatk_indel_realigner_out_1.bam 957B
bedpeToBam_result1.bam 926B
picard_fastq_to_sam_out2.bam 863B
picard_BIS_input1.bam 769B
picard_input_sorted_pair.bam 714B
picard_RSH_input1.bam 685B
picard_RSH_output2.bam 685B
picard_MD_output2.bam 679B
picard_output_markdups_sortedpairsam.bam 679B
picard_input_tiny_coord.bam 671B
picard_output_fixmate_tiny.bam 667B
picard_output_markdups_remdupes.bam 599B
fake_phiX_reads_1.bam 545B
picard_fastq_to_sam_out1.bam 511B
picard_ARRG_output3.bam 355B
picard_ARRG_input1.bam 351B
picard_ARRG_output2.bam 331B
bedToBam_result.bam 269B
picard_input_coordinate_sorted.bam 242B
picard_output_fixmate_sorted_pair.bam 233B
kallisto_pseudo_out6.bam 92B
makeWindowBed_result2.bed 92KB
makeWindowBed_result1.bed 5KB
makeWindowBed_result3.bed 2KB
groupbyBed1.bed 955B
makeWindowBed_result4.bed 795B
fisherBed_result1.bed 509B
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LiuTitanium
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