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SEQing:SEQing
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2021-05-04
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SEQing [寻求] 一种基于Web的交互式工具,用于可视化iCLIP和RNA-seq数据。 该项目的目标是为iCLP和RNA-seq数据开发通用的,基于Web的交互式可视化和探索工具。 该应用程序案例是用户网络内部的本地计算机,允许成员基于Web的(浏览器)访问来浏览其实验数据,而无需任何本地安装。 引文 Lewinski,M.,Bramkamp,Y.,Köster,T。等。 SEQing:在交互式python框架中基于Web的iCLIP和RNA-seq数据可视化。 BMC生物信息学21,113(2020)。 入门 这些说明将为您提供在本地计算机上运行的项目的副本。 先决条件 可以使用以下命令将源代码克隆到您的本地目录中: git clone https://github.com/malewins/SEQing.git 或从github页面下载并提取: 可以使用文件requ
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SEQing-master.zip (43个子文件)
SEQing-master
app.py 133B
Seqing.png 10KB
config_sample.cfg 592B
validator.py 50KB
assets
bWLwgP.css 14KB
_config.yml 27B
example_set
Araport_sample.bed 3KB
grp7-1 8i_LL24.bedgraph 241KB
gene_index.csv 506B
Col2_LL36.bedgraph 222KB
descriptions_sample.tsv 440B
advanced_details_sample.tsv 70KB
AtGRP7-LL24_crosslinks.bedgraph 3KB
AtGRP7-LL36_significant.bed 3KB
AtGRP7-LL36_crosslinks.bedgraph 11KB
AtGRP7-ox_LL36.dpsi.bed.gz 135B
Araport_sample.fa 53KB
Col2_LL24.bedgraph 226KB
AtGRP7-ox_LL36.dpsi.bed 202B
AtGRP7-ox_LL36.bedgraph 221KB
grp7-1 8i_LL36.bedgraph 236KB
AtGRP7-ox_LL24.bedgraph 232KB
grp7-1 8i_LL36.dpsi.bed 576B
AtGRP7-LL24_significant.bed 1KB
AtGRP7-ox_LL24.dpsi.bed 138B
grp7-1 8i_LL24.dpsi.bed 135B
start_sample.sh 805B
settings_tab.py 18KB
description_tab.py 7KB
LICENSE 1KB
rna_tab.py 32KB
__init__.py 0B
requirements.txt 646B
unitTesting.py 41KB
.gitignore 1KB
app_layout.py 53KB
SEQing_RNA_sample.png 86KB
README.md 13KB
converter.py 10KB
help_text.md 3KB
SEQing_iCLIP_sample.PNG 48KB
iclip_tab.py 34KB
cfg.py 2KB
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XanaHopper
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