pyrod:PyRod - 在分子动力学模拟中追踪水分子

PyRod 是一款 Python 软件，旨在基于分析分子动力学模拟中水分子的蛋白质环境来生成动态分子相互作用场 (dMIF) 和药效团特征。 查看以获取有关安装和使用的更多信息。 所使用的算法在PyRod出版物中描述。 安装 克隆这个仓库 打开一个新终端并克隆这个存储库 git clone https://github.com/schallerdavid/pyrod.git ~ /pyrod 安装依赖 PyRod 是用 python 3.8 编写的，并使用 MDAnalysis（>= 0.19.0，随 NumPy 和 SciPy 一起提供）、NumPy 和 SciPy，可以使用 pip 轻松安装： pip3 install --upgrade MDAnalysis 或者 python3 -m pip install --upgrade MDAnalysis 您还可以使用 conda