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Algae_review_test
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2021-04-08
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藻类评论-系统转录组分析管道 引用:Cheon,S.,Zhang,J.和Park,C.,2020。系统进化组学与系统发育组学一样可靠吗? 分子生物学与进化,37(12),pp.3672-3683。 ##注意事项:一致的文本格式有助于重新编写信息。 <text>表示Linux shell和python脚本的参数,例如输入文件名或整数值。 要求 硬件32核处理器(推荐> 8核处理器) 256 Gb(千兆字节)的RAM(推荐> 120 Gb的RAM) 原始测序数据和已处理数据需要> 1 TB的空间Ubuntu 16.04 LTS(推荐LTS版本) 互联网可访问环境 软件带有Python2.7 JAVA 1.8(或更高版本) cmake (2.10.8或更高版本) (v 0.36或更高) (v 2.2.0或更高版本) (v 2.3.0或更高版本) (2.3.5.1或更高版本) (v 3.
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Algae_review_test-main
Quick start guideline for example raw data download.md 187B
Example
Heterocapsa_arctica_SRR1300520.fix.fa 11.16MB
Protoceratium_reticulatum_SRR1296738.fix.fa 19.1MB
Noctiluca_scintillans_SRR1296929.fix.fa 15.99MB
Kryptoperidinium_foliaceum_SRR1296840.fix.fa 14.75MB
Gymnodinium_catenatum_SRR1296705.fix.fa 25.85MB
Crypthecodinium_cohnii_SRR5277468.fix.fa 29.85MB
Alexandrium_minutum_ERR1558595.fix.fa 31.52MB
Heterocapsa_rotundata_SRR1296810.fix.fa 12.2MB
Alexandrium_pacificum_CNUm.fix.fa 38.07MB
Alexandrium_affine_CNUm.fix.fa 40.36MB
Symbiodinium_minutum_Mf105b01_DRR003869.fix.fa 22.73MB
Gonyaulax_spinifera_SRR1300518.fix.fa 9.78MB
Durinskia_baltica_SRR1296839.fix.fa 21.02MB
Scrippsiella_trochoidea_SRX1032815.fix.fa 56.15MB
Amphidinium_carterae_SRR1610335.fix.fa 21.04MB
Perkinsus_marinus_SRR1154655_outgroup_fix.fa 6.23MB
Lingulodinium_polyedrum_SRX090641.fix.fa 39.96MB
Polarella_glacialis_SRR401178.fix.fa 18.59MB
Brandtodinium_nutricula_SRR1300537.fix.fa 17.77MB
Heterocapsa_triquetra_SRR1296978.fix.fa 15.53MB
Oxyrrhis_marina_SRR1296901.fix.fa 20.6MB
ExampleRawData
2.File_name_change_Genus_Species.sh 3KB
1.Example_data_download_with_fastq-dump.sh 2KB
supermatrix_concatenate.py 3KB
Quick start guideline from translated de novo assembled transcripts with example dataset.md 529B
README.md 7KB
fix_names_from_CDhit.py 480B
installation.md 1B
singlecopy_from_OrthoFinder.py 1KB
phyutility_Wrapper.py 1KB
prank_Wrapper.py 788B
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