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deep_folding
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2021-04-22
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深度折叠 该项目旨在利用深度学习工具来研究皮质折叠模式。 MRI通过BrainVISA /形态学家工具进行处理。 先决条件 解剖师零件(anatomist_tools)必须在安装brainvisa和python2的情况下运行 深度学习部分(预处理和utils)必须与python3一起运行,并与pytorch一起使用。 发展 git clone https://github.com/neurospin/deep_folding.git # Install for development bv bash cd deep_folding virtualenv -p /casa/install/bin/python --system-site-packages venv . venv/bin/activate pip install -e . # Tests python -m pytest #
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deep_folding-main.zip (70个子文件)
deep_folding-main
MANIFEST.in 97B
README.rst 986B
deep_folding
preprocessing
README.rst 0B
create_sets.py 12KB
pynet_transforms.py 10KB
datasets.py 5KB
__init__.py 0B
anatomist_tools
README.rst 907B
bounding_box.py 21KB
dataset_gen_pipe.py 15KB
display.py 2KB
load_data.py 2KB
benchmark_generation.py 6KB
__init__.py 0B
transform.py 12KB
benchmark_pipeline.py 6KB
utils
logs.py 5KB
__init__.py 0B
load_bbox.py 4KB
__init__.py 0B
utils
README.rst 0B
pytorchtools.py 2KB
__init__.py 0B
save_results.py 1KB
AUTHORS.rst 368B
data
README.rst 189B
reference
data
Lskeleton.pkl 59KB
Lcrops
100206_normalized.nii.gz 9KB
100206_normalized.nii.gz.minf 1KB
transform
natif_to_template_spm_100206.trm.minf 24B
natif_to_template_spm_100206.trm 115B
bbox
L
S.T.s.ter.asc.ant._left.json 851B
source
supervised
sujet01
t1mri
t1
default_analysis
folds
3.3
base2018_manual
Lsujet01_base2018_manual.arg.minf 375B
Lsujet01_base2018_manual.data
bottom_Bucket.bck 30KB
aims_Tmtktri.mesh.minf 347B
other_Bucket.bck.minf 488B
other_Bucket.bck 17KB
ss_Bucket.bck 172KB
bottom_Bucket.bck.minf 488B
junction_Bucket.bck.minf 488B
cortical_Bucket.bck 95KB
aims_Tmtktri.mesh 2.9MB
plidepassage_Bucket.bck.minf 488B
junction_Bucket.bck 146KB
plidepassage_Bucket.bck 24KB
ss_Bucket.bck.minf 488B
cortical_Bucket.bck.minf 488B
Lsujet01_base2018_manual.arg 1.06MB
unsupervised
ANALYSIS
3T_morphologist
100206
t1mri
default_acquisition
normalized_SPM_100206.nii.minf 62B
registration
RawT1-100206_default_acquisition_TO_Talairach-MNI.trm.minf 62B
RawT1-100206_default_acquisition_TO_Talairach-MNI.trm 116B
default_analysis.minf 62B
normalized_SPM_100206.nii 7.7MB
default_analysis
segmentation
Lskeleton_100206.nii.gz 308KB
Rskeleton_100206.nii.gz.minf 62B
Rskeleton_100206.nii.gz 314KB
Lskeleton_100206.nii.gz.minf 62B
default_acquisition.minf 62B
t1mri.minf 62B
tests
test_dataset_gen_pipe.py 2KB
test_transform.py 1KB
test_bounding_box.py 2KB
test_compute_max_box.py 743B
LICENSE 21KB
setup.cfg 24B
setup.py 516B
.gitignore 281B
notebooks
run_transform.ipynb 8KB
run_bounding_box.ipynb 9KB
run_dataset_gen_pipe.ipynb 10KB
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