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生态群落多元分析 R 程序包 vegan 教程
Jari Oksanen
2015.6.10
摘要
本教程演示了生态群落数据多元分析 R 语言程序包 vegan 的排序分析方法，
学习本教程之前您应了解 R 语言基本语法和群落排序的一般概念。vegan 包提供
包括非度量多维尺度分析（NMDS）在内的所有基本排序方法。教程也介绍了包
括邻近约束分析（CAP），冗余分析（RDA）和典范对应分析（CCA）等约束排
序方法。vegan 包还提供环境变量拟合以及绘制排序图的函数。
目录
1 简介 ......................................................................................................................................................................2
2 基本的排序方法 ..............................................................................................................................................2
2.1 非度量多维尺度分析 .........................................................................................................................2
2.2 群落相异性 ...........................................................................................................................................5
2.3 比较排序图：普氏旋转（Procrustes rotation） ...................................................................8
2.4 特征向量法 ........................................................................................................................................9
2.5 去趋势对应分析（DCA） ............................................................................................................ 12
2.6 排序图 ................................................................................................................................................. 14
3 使用环境因子被动解释排序轴 ............................................................................................................... 16
3.1 矢量拟合 ............................................................................................................................................ 17
3.2 曲面拟合 ............................................................................................................................................ 18
3.3 因子变量 ............................................................................................................................................ 19
4 约束排序 ......................................................................................................................................................... 21
4.1 模型说明 ............................................................................................................................................ 22
4.2 置换检验 ............................................................................................................................................ 25
4.3 模型建立 ............................................................................................................................................. 27
4.4 线性组合和加权平均 ...................................................................................................................... 33
1. 线性组合坐标 lc：约束变量的线性组合。 .................................................................. 33
2. 加权平均坐标 wa：物种坐标的加权平均。 ................................................................ 33
4.5 双序图箭头和环境标定 ................................................................................................................. 34
4.6 条件模型或偏模型 ........................................................................................................................... 35
5 相异性与环境 ................................................................................................................................................. 37
5.1 adonis：基于相异矩阵的多元方差分析 .................................................................................. 38
5.2 组的同质性和 beta 多样性 ........................................................................................................... 39
5.3 Mantel 检验....................................................................................................................................... 41
5.4 Protest:普鲁克检验 .......................................................................................................................... 43
6 分类 ................................................................................................................................................................... 44
6.1 聚类分析 ............................................................................................................................................ 44
6.2 类的显示和解释 .............................................................................................................................. 46
6.3 分类群落表 ......................................................................................................................................... 49
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