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旱稻IRAT109苗期水分胁迫诱导表达差减cDNA文库的构建
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2020-01-18
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旱稻IRAT109苗期水分胁迫诱导表达差减cDNA文库的构建,王海光,李自超,为了鉴定旱稻IRAT109苗期水分胁迫诱导表达基因,以PEG胁迫处理的根和叶为试验方,以未处理的对照材料为驱动方,通过抑制性差减杂交�
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旱稻 IRAT109 苗期水分胁迫
诱导表达差减 cDNA 文库的构建
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王海光 李自超
中国农业大学农业部作物基因组学与遗传改良重点开放实验室,作物杂种优势研究与利用教育部
重点实验室,北京市作物遗传改良重点实验室 北京(100094)
E-mail: lizichao@cau.edu.cn
摘 要:为了鉴定旱稻 IRAT109 苗期水分胁迫诱导表达基因,以 PEG 胁迫处理的根和叶为试验方,
以未处理的对照材料为驱动方,通过抑制性差减杂交分别构建了 PEG 处理诱导的根和叶的差减文
库。文库包含 2112 个克隆,其中叶文库 1344 个,根文库 768 个。随机挑选文库中 800 个克隆进
行测序,得到 unique EST384 个。Blast 分析表明文库中包含了很多在抵御干旱胁迫中发挥作用
的基因,并且涉及到了合成渗透调节物质、抵御活性氧伤害、清除细胞毒素、蛋白质转换、加固
细胞壁等多种植物抗旱机制。还有一部分基因涉及氨基酸、碳水化合物、核酸和脂类等多种物质
的代谢过程以及蛋白合成、转录、信号转导等生理生化过程。只有少数基因参与植物在干旱胁迫
下的伤害反应。
关键词:旱稻,水分胁迫,表达序列标签(EST),抑制性差减杂交(SSH),差减文库
干旱经常会影响植物生长发育,造成作物严重减产,成为制约农业发展的重要因素。为了适
应干旱胁迫,植物在长期的进化中逐渐建立起了适应和抗性机制。研究植物抗旱分子机理,克隆
相关抗性基因,对于作物抗旱分子育种和农业的节水抗旱具有重要意义。
根据水分供应情况,稻类作物在人工选择和自然选择下分化为水稻和旱稻,二者主要差别在
于抗旱性的不同,水稻是天然“敏旱类型”,需要在完全淹水条件下生长,旱稻则是天然“抗旱
类型”,全生育期可不灌水或在干旱严重时辅以适量灌溉,其单位面积灌水量不足水稻的20%[1]。
因此,旱稻是研究植物抗旱性的理想材料。利用具有显著抗旱性的旱稻研究水分胁迫诱导表达基
因,对于改良作物抗旱性及抗旱品种选育提供基因资源和理论依据具有重要意义。近年来,从外
部形态结构到内在生理生化变化等方面对旱稻的抗旱性多有研究[2,3],但对于旱稻在水分胁迫
下的基因表达却少有报道。
抑制性差减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH),1996年首次报道,用于分离两
个mRNA群体间差异表达的基因[4],是研究基因表达的有效方法。本研究中,为了获得在旱稻水
分胁迫诱导表达基因,利用SSH构建了在PEG模拟干旱条件下旱稻IRAT109的差减cDNA文库,并对
文库中的克隆进行序列分析和同源对比,初步研究了旱稻在水分胁迫下的基因表达。
1.材料与方法
1.1 材料培养及胁迫处理
旱稻IRAT109的种子在水中浸泡24h后,置于湿纱布上,32℃催芽两天,播于底部粘有塑料纱
1
1
本课题得到教育部博士点基金(项目编号:20030019004)资助
http://www.paper.edu.cn
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窗的泡沫孔板上,漂浮于装有水的塑料盒中生长,水培养1周,营养液培养2周,培养室温度28
℃,相对湿度80%,光照14h/天。对培养3周的幼苗进行干旱处理,在15%聚乙二醇6000
(polyethylene glycol,PEG)溶液中进行水分胁迫处理9小时后,分别取叶、根,液氮速冻,
-70℃保存。同时取未处理材料为对照。
1.2 RNA 的提取及 mRNA 的分离
总 RNA 的提取用 TRIZOL 试剂(北京鼎国生物试剂公司),提取的 RNA 溶于 DEPC 处理过的去
离子水中,用 1%琼脂糖凝胶电泳检测完整性,并用紫外分光光度计定量。mRNA 的分离采用
PolyATract mRNA isolation kit (Promega Inc., USA)。
1.3 抑制性差减杂交及差减文库的构建
利用 Clontech 公司的 PCR-select
TM
cDNA Subtraction Kit 通过抑制差减杂交方法构建差减文
库。在实验过程中以 15%PEG 处理 9 小时的 IRAT109 幼苗叶、根的 mRNA 分别作为 tester(实验
方),以未处理的 IRAT109 叶、根的 mRNA 分别作为 driver(参照方),严格按照说明书操作。首
先用 RsaI 酶切 tester 和 driver 的 cDNA,对酶切产物连上不同的接头,然后进行两次差减杂交和
两次抑制 PCR,使干旱处理诱导表达的 cDNA 得以均一化并被富集。将第二次 PCR 的产物与 pGEM
T-easy Vector (Promega) 载体相连,连接产物转化到大肠杆菌 DH5a 细胞中,挑选所有白色克隆,
在含有 LB/Amp 液体培养基的 96 孔摇菌板中 37℃摇菌过夜,菌液加入 15%甘油,-70℃保存。
1.4 差减片断的 PCR 扩增及电泳检测
以各个克隆的菌液为模板,进行PCR扩增,引物为PCR-select
TM
cDNA Subtraction Kit中提供
的巢式引物,扩增体系为:79.4ul去离子水,10ul 10×buffer,2ul引物(10uM),2ul dNTP mix (2.5
mM each),4单位 Tag DNA polymerase(天为时代),3 ul菌液。扩增条件为:94℃ 5 min, 28 cycles
(95℃10sec,68℃,3min),72 5 min℃ 。取PCR产物2µl在1%琼脂糖凝胶中电泳检测,出现非特
异扩增的克隆和无扩增产物的克隆予以去除。
1.5 cDNA 克隆测序及序列分析
随即挑选文库中的800个克隆送到北京奥科生物技术有限责任公司进行测序。所得序列去除
载体和引物序列,得到每个克隆的EST 序列,去除测序结果中的冗余序列,以得到unique EST。
将unique EST在NCBI网站上(http//www.ncbi.nlm.nih.gov)进行比对,根据蛋白的相似性,并参
考拟南芥测序计划(Arabidopsis Sequencing Project)的功能分类方法,将比对结果E值低于1e–05
的EST进行功能分类。
2.结果与分析
http://www.paper.edu.cn
2
2.1 总 RNA 的提取
采用TRIZOL试剂提取RNA,1%琼脂糖凝胶电泳检测其完整性,电泳结果如图1。由图可见28s
与18s两条带带型清晰,无拖尾,且亮度28s是18s
的两倍,RNA完整无降解,可用于后续试验操作。
2.2 抑制性差减杂交
以 15%PEG 处理的根中提取的 mRNA 为 tester,未 处
理的根为 driver,经过抑制性差减杂交、扩增产物与载体
连接、转化大肠杆菌细胞、挑取白色克隆,构建了 IRAT109
根的干旱诱导表达差减 cDNA 文库,同样方法构建了叶的
差减 cDNA 文库,共有 2112 个克隆,其中叶 1344 个,根
768 个。以文库菌液为模板 PCR 扩增插入片段,经琼脂糖
电泳检测,去掉没有扩增产物以及具有非特异性扩增产物
的克隆后,有 1991 个检测合格,插入片断大多在 200-
700bp 之间,见图-3。
2.3 cDNA 克隆测序及序列分析
随机挑选文库中 800 个克隆进行单向测序,其
中叶片差减文库的克隆 535 个,根差减文库的克隆
265 个。成功测序 690 个,经过序列分析,去掉冗
余序列,得到 unique EST384 个,包括叶文库克隆
241 个,根文库克隆 138 个,二者只有 17 个重叠
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22M 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33
图-3 电泳检测差减文库部分克隆的 PCR 产物
M:marker, 100bp, 300bp, 500bp, 700bp, 900bp, 1200bp; 1-33:不同克隆的 PCR 产物
图-4 水分胁迫诱导表达基因在根和叶中的分布
叶
(241 ESTs)
根
(138 ESTs)
Common
17
224
121
图-2 差减 PCR 产物;1,2,3 叶差减
PCR 产物;4,5,6 根差减 PCR 产物;
M : marker, 100bp, 300bp, 500bp,
700bp, 900bp, 1200bp。
1 2 3 M 4 5 6
图-1 IRAT109 RNA 检测
1 旱处理叶;2 旱处理根;3 对照叶;4 对照根
1 2 3 4
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3
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