# SRW-PPINetworks
This repository is an implementation of the [Supervised Random Walks algorithm](https://cs.stanford.edu/people/jure/pubs/linkpred-wsdm11.pdf) (MATLAB original code [link](https://github.com/syllogismos/facebook-link-prediction)) for Protein-Protein Interaction Networks. The algorithm is implemented in Python where the optimization is implemented using the function *fmin_l_bfgs_b* from Scipy module with Wilcoxon-Mann-Whitney (WMW) loss function. Learning the parameter vector **w** can be done with the function *supervised_random_walks*, and with the parameter vector **w**, the function *random_walks* gives the random walk parameter vector **p**. The alternative implementation of the algorithm is implemented to work on GPU using the NDArray API of [MXNet](https://mxnet.incubator.apache.org/).
### Scipts:
- *supervised_random_walks.py* - implementation of the SRW on CPU
- *supervised_random_walks_gpu.py* - implementation of the SRW on GPU
- *train.py* - train and test the SRW algorithm
- Preprocessing scripts:
- *find_largest_component.py*
- *min_max_normalization.py*
- *semanticSimilarityGoTerms.R* and *semanticSimilarityGoTerms.py* - calculation of semantic similarity of GO terms
- *semanticSimilarityProteins.R* and *semanticSimilarityProteins.py* - calculation of semantic similarity of proteins
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随机游走matlab代码-SRW-PPINetworks:PPI网络中的监督随机游走
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2021-06-12
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随机游走matlab代码SRW-PPI网络 该存储库是蛋白质-蛋白质相互作用网络(MATLAB 原始代码)的实现。 该算法在 Python 中实现,其中使用来自 Scipy 模块的函数fmin_l_bfgs_b和 Wilcoxon-Mann-Whitney (WMW) 损失函数来实现优化。 学习参数向量w可以通过函数supervised_random_walks 完成,对于参数向量w ,函数random_walks给出随机游走参数向量p 。 该算法的另一种实现是使用 的 NDArray API 在 GPU 上工作。 脚本: supervisor_random_walks.py - 在 CPU 上实现 SRW supervisor_random_walks_gpu.py - 在 GPU 上实现 SRW train.py - 训练和测试 SRW 算法 预处理脚本: find_largest_component.py min_max_normalization.py semanticSimilarityGoTerms.R和semanticSimilarityGoTerms.py - 计算 G
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SRW-PPINetworks-master.zip (30个子文件)
SRW-PPINetworks-master
similarity
resnikLinMethods.R 4KB
wangMethod.R 2KB
semantic_similarity_proteins.py 5KB
semanticSimilarityGoTerms_v2.R 3KB
semanticSimilarityProteins.R 3KB
semanticSimilarityGoTerms.R 7KB
semanticSimilarityGoTerms.py 8KB
srw_model.py 13KB
supervised_random_walks_gpu.py 13KB
test.py 27KB
train.py 10KB
create_train_test_data.py 2KB
visualizations.py 7KB
preprocessing
divide_annotations.py 3KB
remove_bias.py 7KB
prepare_full_go.py 9KB
protein_histogram.py 5KB
draw_histogram.py 658B
terms_histogram.py 4KB
prepare_init_data.py 1KB
train_anno.py 4KB
supervised_random_walks.py 12KB
requirements.txt 148B
anno_srw_model.py 13KB
.gitignore 1KB
test_anno.py 14KB
config.py 2KB
min_max_normalization.py 2KB
README.md 1KB
generate_benchmark_data.py 6KB
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