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针对水下航行器效能评估中，存在着指标信息不确定和指标间关系不明确的问题，运用粗糙集和灰色系统理论对水下航行器效能评估进行了研究，提出了基于粗糙集的水下航行器效能灰色评估方法，并论述了该方法的具体评估过程。结合实际水下航行器系统进行了应用分析，结果表明：该方法合理、可行，解决了水下航行器效能评估中存在的问题，提高了评估结论的正确性和有效性，为水下航行器系统的论证、设计和改进提供了科学的理论决策依据。