标题中的“php在文件指定行中写入代码的方法”指的是在PHP编程中，如何在已有的文件中特定的行插入新的代码。这通常用于自动化维护、日志记录或者在不破坏现有代码结构的情况下添加功能。描述中提到的情况是，由于网站主页可能是缓存的，直接插入的代码（如网马或Webshell）可能会被更新操作删除，因此需要一种持久化的方法来确保代码的存在。
以下是实现这一功能的PHP代码详解：
定义要写入的文件名 `$file` 和要插入的代码 `$code`。接着，使用 `fopen` 函数以读写模式("r+")打开文件，然后使用 `fread` 读取文件的全部内容，并通过 `fclose` 关闭文件句柄。
代码中使用 `strstr` 检查 `$code` 是否已经存在于文件内容 `$content` 中。如果不存在，那么调用 `insertContent` 函数在指定行插入代码，这里设置为第3行。`insertContent` 函数接受源文件名、要插入的代码和目标行号作为参数，逐行读取文件，当达到指定行时，在该行后面插入代码，并将所有行存储到数组 `$arrInsert` 中。读取完成后，删除原始文件，然后遍历 `$arrInsert`，使用 `file_put_contents` 将新内容追加回文件。
此外，为了周期性地执行这段PHP代码，可以使用类似Opera浏览器中的定时任务功能，或者创建一个HTML页面，通过JavaScript设置定时器每隔一段时间（例如300000毫秒，即5分钟）加载PHP文件。这段HTML代码中定义了一个JavaScript函数 `singOut`，创建一个`iframe`元素加载PHP文件，然后使用 `window.setInterval` 定时执行这个函数。
针对这种可能被恶意利用的情况，防范方法是通过服务器配置或规则禁止直接修改PHP文件。在服务器环境下，可以通过设置权限、防火墙规则或者使用安全的文件管理系统来限制对PHP文件的写入操作。对于使用虚拟主机的用户，可能需要定期下载代码并手动检查后门，以确保网站的安全性。
总结起来，这段PHP代码提供了一种在文件指定行插入代码的手段，同时给出了防止代码被清除的策略。然而，这也提醒我们需要注意网络安全，避免恶意代码的植入。为了增强安全性，可以采取如上所述的防范措施，限制对PHP文件的直接修改，确保网站不受潜在威胁的影响。
