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去噪代码matlab-Network_Filters:使用网络过滤器对大规模生物数据进行去噪
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2021-05-27
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去噪声代码matlab 使用网络过滤器对大规模生物数据进行去噪 该代码复制了Kavran和Clauset 2020手稿中的数字。 运行说明 要运行所有脚本,请将此存储库中的所有目录(和子目录)添加到您的路径并执行“ run_all_scripts.m” 该代码使用统计工具箱在MATLAB R2016a上运行,并调用由其他人用C编写的社区检测代码。
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Network_Filters-master.zip (61个子文件)
Network_Filters-master
.gitignore 58B
results
Chung_Lu_Output
permuted_nodes_error.fig 24KB
permuted_nodes_error.svg 58KB
workspace.mat 7.36MB
Protein_Atlas_Output
KNN_Regression.svg 47KB
HPA_assortativity_coeffs.fig 16KB
KNN_Regression.fig 24KB
Community_Random_Graphs_Output
permuted_nodes_mean_absolute_error.fig 23KB
zoomed_permuted_nodes_mean_absolute_error.svg 26KB
zoomed_permuted_nodes_mean_absolute_error.fig 21KB
permuted_nodes_mean_absolute_error.svg 33KB
workspace.mat 6.86MB
data
id_uniprot_ensembl_map.csv 507KB
cancer_data.csv 2.12MB
cancerNames.txt 167B
all_hint_nodes_names.csv 233KB
healthy_tissue_average_list.xlsx 9KB
edge_list.csv 580KB
FoundComms1.tsv 90KB
healthy_data.csv 910KB
edge_list_for_dcsbm.txt 751KB
code
HINT_data_wrangling.Rmd 14KB
ChungLu_SyntheticData.m 5KB
General_Network_Functions
makeAdjMat.m 337B
writeWG2.m 438B
maerr.m 173B
metadassort.m 791B
randht.m 3KB
sparse2edgelist.m 487B
writegml.m 909B
HINT_data_wrangling.nb.html 724KB
human_protein_atlas_KNN.m 9KB
run_all_scripts.m 70B
Synthetic_Data_Functions
assortMCMC.m 3KB
chungLuModel.m 1KB
dcSBMGraph.m 3KB
Community_Random_Graphs.m 11KB
KNN_Regression_Functions
getKNeighbors.m 1KB
kNNRegression.m 103B
healthy_cancer_tissue_regression.m 1KB
Network_Filter_Functions
medianNetworkfilter.m 3KB
meanNetworkfilter.m 917B
network_community_filter.m 4KB
network_filter.m 3KB
Newman_Clauset_Community_Detection
metadata 27KB
rv_src
Makefile 296B
readwg2.o 4KB
network.h 1KB
bp-dc-groups.o 19KB
readwg2.h 263B
bp-dc-groups.c 13KB
readwg2.c 5KB
README.md 444B
raw_data
HGNC_ensembl_names_from_atlas_as_input.txt 1.05MB
healthy_tissue_v16.csv 69.58MB
cancer_v16.csv 70.98MB
cancer_tissues_metadata.csv 3.48MB
ensembl_ids.txt 239KB
healthy_tissues_metadata.csv 3.51MB
HomoSapiens_binary_hq_downloaded_2019_04_13.txt 6.13MB
edge_list.csv 580KB
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