ii
4 System and foreign language interfaces . . . . . 30
4.1 Operating system access . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.2 Interface functions .C and .Fortran . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 30
4.3 dyn.load and dyn.unload . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
4.4 Registering native routines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
4.5 Creating shared objects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
4.6 Interfacing C++ code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
4.7 Handling R objects in C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37
4.7.1 Handling the effects of garbage collection . . . . . . . . . . . . . . . 38
4.7.2 Allocating storage . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
4.7.3 Details of R types . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 40
4.7.4 Attributes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
4.7.5 Classes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
4.7.6 Handling lists . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
4.7.7 Finding and setting variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
4.8 Interface functions .Call and .External . . . . . . . . . . . . . . . . 44
4.8.1 Calling .Call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
4.8.2 Calling .External . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
4.8.3 Missing and special values. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
4.9 Evaluating R expressions from C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
4.9.1 Zero-finding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
4.9.2 Calculating numerical derivatives . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 50
4.10 Parsing R code from C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
4.11 Debugging compiled code . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
4.11.1 Finding entry points in dynamically loaded code . . . . . . . 54
4.11.2 Inspecting R objects when debugging . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
5 The R api: entry points for C code . . . . . . . . 57
5.1 Memory allocation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
5.1.1 Transient storage allocation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
5.1.2 User-controlled memory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
5.2 Error handling . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
5.2.1 Error handling from FORTRAN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
5.3 Random number generation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
5.4 Missing and ieee special values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
5.5 Printing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
5.5.1 Printing from FORTRAN . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
5.6 Calling C from FORTRAN and vice versa . . . . . . . . . . . . . . . . 60
5.7 Numerical analysis subroutines . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
5.7.1 Distribution functions. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
5.7.2 Mathematical functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
5.7.3 Utilities. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 63
5.7.4 Mathematical constants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
5.8 Optimization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 65
5.9 Integration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
5.10 Utility functions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 67
5.11 Platform and version information . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68
5.12 Using these functions in your own C code . . . . . . . . . . . . . . . 69
