ISDTool：用于预测HERV免疫抑制域的计算模型

已发现人类内源性逆转录病毒（HERV）在几种慢性疾病中起病因辅助作用，包括癌症，自身免疫和神经功能障碍。 免疫抑制域（ISD）是逆转录病毒包膜基因（env）中跨膜蛋白（TM）的保守区域。 在体外和体内，证据表明逆转录病毒TM具有高度的免疫抑制作用，与​​ISD具有同源性的合成肽（CKS-17）可以抑制免疫功能。 ISD可能是HERV中潜在的致病因素。 然而，到目前为止，研究人员仅对不到100个IRV的HERV进行了注释，并且用于域预测的通用软件无法实现针对特定ISD的足够准确性。 在本文中，提出了一种仅基于基因组序列来识别HERV中ISD的计算模型。 使用杰克刀测试，它的分类精度为97.9％。 用该模型扫描了117个HERV家族，预测了1002个新推定的ISD，并在人类染色体中添加了注释。 由于内源性和外源性逆转录病毒之间的进化关系，该模型也可用于搜索人T嗜性病毒（HTLV），猿猴T嗜性病毒（STLV）和鼠白血病病毒（MLV）中的ISD。 此外，还开发了名为ISDTool的软件来促进模型的应用。 本文涉及的数据集和软件均可在https://sourceforge.net/projects/isdtool/files/ISDTool-1.0中获得。