氨基酸保守性.zip:利用保守指数分析氨基酸保守性-matlab开发

考虑到氨基酸之间的生化相似性，我们分析了多序列比对 (MSA) 中每个位置的保守程度。 在我们的实验中，我们将守恒指数 (CI) 与其他最先进的守恒方法（即香农熵、Jensen-Shannon 多样性得分 [2]、相对熵 [2]、冯诺依曼熵 [2]）进行了比较。 我们发现 CI 是对保守位点的稳健估计，具有以下三个优点：(1) 使用我们的方法，MSA 中没有自然变化的位置具有相同的 CI。 例如，在 Jensen-Shannon 多样性得分中就不是这种情况。 (2) 在一个位置上观察到的自然变化越多，CI 就越高。 例如，相对熵和冯诺依曼熵就不是这种情况。 (3)考虑了氨基酸之间的生化相似性。 在香农熵中，所有氨基酸都被平等对待，情况并非如此。 引用：Guangdi Li、Jens Verheyen、Soo-Yon Rhee、Arnout Voet、Anne-Mieke Vandamme、