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matlab图片叠加的代码-Matlab-Contour-Analysis:Matlab脚本,用于分析Eng等人(《当前生物学》...
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matlab图片叠加的代码Matlab轮廓分析 Matlab脚本,用于分析Eng等人在《 Current Biology》 2021年使用的拟南芥cotelydon铺面细胞中微管的分布 这些脚本用于分析微管(mCHERRY-TUA5)相对于Cotelydon铺面细胞质膜(LIi6B-GFP)的分布。 分析需要两个输入文件:a)细胞表面微管的TIF(16位)图像。 为了提取微管的表面信息,我们使用了最大强度的投影(或平滑的流形投影)来将z堆栈记录减少为单平面图像。 b)单元轮廓的TIF(16位)图像。 为了提取细胞轮廓,我们使用了LTi6B-GFP信号(z堆栈)的最大强度投影,并手动调整图像以显示背景。 脚本A导入输入文件,使用Matlab内置的分水岭功能对其进行分段,并允许通过GUI选择,拒绝和管理单元格轮廓。 多个输出可对分析进行完全监督。 输出包括: 输入图像(带有A _ [...]和B _ [...]的文件) 分水岭结果(原始和策展后;文件E _ [...]和F _ [...]) 分水岭图像覆盖有微管和质膜(文件B _ [...]和D _ [...]) 选定单元格的索引图(G _
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Matlab-Contour-Analysis-main.zip (64个子文件)
Matlab-Contour-Analysis-main
example data
Plasma Membrane_LTIi6b-GFP_WT_48h_S1_MIP.tif 1.12MB
Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP.tif 1.12MB
output from script A
G_Selected Cells_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP.tif 1.06MB
D_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Watershed.jpg 60KB
B_Plasma Membrane_LTIi6b-GFP_WT_48h_S1_MIP_Watershed.jpg 178KB
E_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_WATERSHED_INIT.TIF 1.11MB
workspace_Contours.mat 3.43MB
F_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_WATERSHED_CLEAN.TIF 772KB
C_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_MIP.TIF 920KB
Cell_Contours_4_Cells_Membrane_LTIi6b-GFP_WT_48h_S.txt 12KB
A_Plasma Membrane_LTIi6b-GFP_WT_48h_S1_MIP_MIP.TIF 202KB
LICENSE 1KB
code
B_Contour_Analysis_commented_29032021.m 31KB
densityplot.m 1KB
circfit.m 613B
LineCurvature2D.m 4KB
LineNormals2D.m 1KB
A_Cell_Contour_Extraction_commented_29032021.m 9KB
output from script B
P_ALL_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Curv_Intensity_AllCells.tif 137KB
Q_ALL_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_C-I-Heatmap.tif 1.02MB
Ensemble-Data
I_AllCells_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanIntensity.TIF 148KB
N_AllCells_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_localLEC.TIF 146KB
O_AllCells_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_Aniso_Norm.TIF 147KB
L_AllCells_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanOrientation.TIF 148KB
J_AllCells_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanCurvature.TIF 147KB
H_AllCells_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours&MTs.TIF 169KB
K_AllCells_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanAnisotropy.TIF 148KB
SingleCell_MEASUREMENTS_4 cells -- Membrane_LTIi6b-GFP_WT_48h_S.txt 1KB
workspace_Analysis.mat 38.65MB
SingleCell-Data
M_2_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Curv_vs_Intensity_EachCell.jpg 46KB
I_Cell_2_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanIntensity.TIF 21KB
N_Cell_4_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_localLEC.TIF 21KB
I_Cell_3_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanIntensity.TIF 22KB
H_Cell_2_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours&MTs.TIF 24KB
O_Cell_2_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_Aniso_Norm.TIF 21KB
J_Cell_2_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanCurvature.TIF 21KB
N_Cell_3_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_localLEC.TIF 21KB
J_Cell_3_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanCurvature.TIF 22KB
O_Cell_1_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_Aniso_Norm.TIF 21KB
K_Cell_2_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanAnisotropy.TIF 21KB
L_Cell_3_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanOrientation.TIF 22KB
M_4_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Curv_vs_Intensity_EachCell.jpg 47KB
J_Cell_1_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanCurvature.TIF 21KB
O_Cell_3_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_Aniso_Norm.TIF 22KB
I_Cell_4_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanIntensity.TIF 21KB
L_Cell_1_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanOrientation.TIF 21KB
I_Cell_1_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanIntensity.TIF 21KB
H_Cell_1_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours&MTs.TIF 23KB
J_Cell_4_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanCurvature.TIF 21KB
L_Cell_2_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanOrientation.TIF 21KB
K_Cell_4_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanAnisotropy.TIF 21KB
M_1_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Curv_vs_Intensity_EachCell.jpg 50KB
M_3_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Curv_vs_Intensity_EachCell.jpg 45KB
N_Cell_1_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_localLEC.TIF 21KB
K_Cell_1_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanAnisotropy.TIF 21KB
L_Cell_4_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanOrientation.TIF 21KB
N_Cell_2_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_localLEC.TIF 21KB
K_Cell_3_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_meanAnisotropy.TIF 22KB
O_Cell_4_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours_Aniso_Norm.TIF 21KB
H_Cell_4_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours&MTs.TIF 24KB
H_Cell_3_Microtubules_mCHERRYTUA5_WT_48h_S1_SMP-based MIP_Contours&MTs.TIF 25KB
Cell_Contour_ANALYSIS_4 cells -- Membrane_LTIi6b-GFP_WT_48h_S1.txt 2KB
README.md 4KB
.gitattributes 66B
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