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matlab精度检验代码-monocle2-rge-paper:生成Monocle2论文所需的脚本(Qiu等,2017)
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2021-05-22
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matlab精度检验代码分析“反向图嵌入可解析复杂的单细胞轨迹” 介绍 此分布包括对本文进行的所有分析和图形生成。 为了运行其中包含的所有代码,您需要安装我们为此项目准备的六个软件包(请参阅文件install_packages.R中的更多详细信息)。 Jupyter笔记本 Monocle 2的显著成果是其能够自动解决复杂的发展轨迹的能力。 除了编写的所有代码外,我们还提供了一个Jupyter笔记本来重现Paul(包括五个分支点和六个谱系)以及Olsson数据集(包括两个分支点)的发展轨迹。 查看文件夹Jupyter_notebook 引文 如果您发现Monocle 1或Monocle 2帮助您分析单细胞RNA-seq数据集,请引用以下论文: 单片眼镜1:Trapnell,Cole等。 “细胞命运决定的动力学和调节因素是通过单个细胞的伪时间顺序揭示的。” 自然生物技术32.4(2014):381-386。 预约定价安排 单片2:邱小杰等。 “单细胞mRNA定量和普查的差异分析。” 自然方法14.3(2017):309。 单片2:邱小杰等。 “反向图嵌入可解决复杂的单细胞轨迹。” 自然方法
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monocle2-rge-paper-master.zip (81个子文件)
monocle2-rge-paper-master
.ipynb_checkpoints
Olsson_dataset_analysis-checkpoint.ipynb 18KB
Olsson_dataset_analysis_final.ipynb 1.5MB
Paul_dataset_analysis_final.html 799KB
README.md 7KB
Olsson_dataset_analysis_final.html 1.76MB
Supplementary_software.zip 15.44MB
Supplementary_scripts
prepare_HSMM_data.R 9KB
analysis_neuron_simulation_other_methods.r 16KB
analysis_lung_benchmark.r 11KB
MARSseq_analysis_tutorial.R 27KB
neuron_simulation.m 6KB
run_all_analysis.sh 9KB
analysis_DDRTree_params.R 37KB
generate_dpFeature_figures.r 40KB
marseq_downsampling_empirical_ordering.R 52KB
run_all_analysis_parallel.sh 9KB
revision_1
revision_1_empirical_downsample_downsampling.R 33KB
revision_1_comparison_across_software.R 2KB
revision_1_traditional_venn_diagram.R 5KB
revision_1_dpFeature.R 14KB
revision_1_HSMM_myo_other_software.R 3KB
revision_1_census.R 8KB
revision_1_dpt_feature_selection.R 6KB
revision_1_test_wishbone_res.R 5KB
revision_1_accuracy_na_simulation_res.R 37KB
revision_1_running_time.R 24KB
revision_1_new_blood_dataset.R 6KB
revision_1_simulation_data.R 17KB
analysis_mars_seq_all_dataset.r 31KB
dpFeature_for_all_datasets.R 19KB
analysis_DDRTree_all_parameters.R 3KB
analysis_neuron_simulation.r 33KB
revision_2
cell_cycle_analysis.R 32KB
cell_cycle_analysis_tmp.R 4KB
cell_cycle_analysis_assign_pseudotime.R 12KB
Jupyter_notebooks
GSE72857_experimental_design.txt 684KB
gene_set 651B
valid_subset_GSE72857_cds2 10.66MB
Olsson_dataset_analysis_final.ipynb 1.5MB
Olsson_RSEM_SingleCellRNASeq.csv 61.26MB
Paul_dataset_analysis_final.html 799KB
Paul_Cell_MARSseq_GSE72857.RData 12.11MB
Olsson_dataset_analysis_final.html 1.76MB
network_res 55KB
MAP.csv 28KB
valid_subset_GSE72857_cds 9.64MB
readme.txt 766B
Paul_dataset_analysis_final.ipynb 531KB
fig1b.txt 1.51MB
scripts
function.R 143KB
ICA_robustness_analysis_genearlize.R 14KB
robustness_dpt_slicer_genearlize.R 49KB
progressive_branch_downsampling_generalize.R 39KB
plotting.R 22KB
DDRTree_robustness_analysis_genearlize.R 31KB
install_packages.R 2KB
gen_HSMM_figures.r 7KB
Packages
simplePPT_0.1.0.tar.gz 3KB
densityClust_0.3.tar.gz 16KB
monocle_2.2.0.tar.gz 11.54MB
xacHelper_0.0.1.0000.tar.gz 569KB
L1Graph_0.1.0.tar.gz 37KB
DDRTree_0.1.5.tar.gz 12KB
numbers_in_papers.R 934B
analysis_olsson_WT_data.r 147KB
analysis_complex_tree_structure.R 18KB
analysis_olsson_KO_data.R 72KB
analysis_HSMM_data.r 21KB
gen_HSMM_SI_figures.r 46KB
tmp
fig_SI4_lung_empirical_ordering.R 51KB
fig_SI5.r 26KB
revision_1_analysis_motor_neuron_scTDA.R 34KB
analysis_dpath_res.R 7KB
analysis_all_dataset_simplePPT.R 10KB
variance_branch_point.R 12KB
revision_1_dpt_multiple_branches.R 21KB
analysis_mars_seq_data.r 19KB
gen_simulation_dpt_DDRTree_finalized_figures.R 26KB
calculate_monocle12_slicer_wishbone_dpt_downsampling.R 43KB
Paul_dataset_analysis_final.ipynb 531KB
Olsson_dataset_analysis.ipynb 1.21MB
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