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用卷积滤波器matlab代码-DRPnet:使用深度回归的低温电子显微照片中的自动粒子拾取
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2021-05-21
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用卷积滤波器matlab代码DRPnet-使用深度回归在低温电子显微图中自动进行粒子拾取 该存储库是本文在Matlab中的一种实现。 先决条件 该代码已在以下系统上成功测试: Matlab 2018b(/ w图像处理工具箱,计算机视觉工具箱和深度学习工具箱) CUDA 9.2 cuDNN 7.4 如何挑选颗粒 设置程序参数: 程序参数存储在文件“ Input / file_name.txt”中。 要从图像数据集中选择粒子,我们需要将这些参数设置为适当的值。 我们可以更改七组参数: % ------------ input/output paths --------------------------------------------------------- inpath = 'path_to_your_images'; % folder contains .mrc files outpath = 'output'; % folder stores coordinate files (.star files) of picked particles groundruth_path\n=
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DRPnet-master.zip (74个子文件)
DRPnet-master
models
cnet_2.mat 91.67MB
cnet_1.mat 186KB
input
10061_params_TEST.txt 1KB
OKT3_params_TRAIN_TEST.txt 1KB
10017_params_TRAIN_TEST.txt 1KB
10061_params_TRAIN_TEST.txt 1KB
10017_params_TEST.txt 1KB
10005_params_TEST.txt 1KB
10005_params_TRAIN_TEST.txt 1KB
_config.yml 29B
Test_Detection_Classification_DRPnet.m 8KB
output
BiFab_1to50_E5_0003_autopick.star 5KB
stack_0223_2x_SumCorr_autopick.star 3KB
stack_0231_2x_SumCorr_autopick.star 4KB
stack_0233_2x_SumCorr_autopick.star 5KB
stack_0220_2x_SumCorr_autopick.star 5KB
EMD-2984_0002_autopick.star 2KB
stack_0229_2x_SumCorr_autopick.star 4KB
stack_0234_2x_SumCorr_autopick.star 5KB
stack_0226_2x_SumCorr_autopick.star 5KB
EMD-2984_0003_autopick.star 2KB
stack_0228_2x_SumCorr_autopick.star 5KB
stack_0230_2x_SumCorr_autopick.star 3KB
BiFab_1to50_E5_0002_autopick.star 4KB
Falcon_2012_06_12-15_14_01_0_autopick.star 14KB
Falcon_2012_06_12-14_33_35_0_autopick.star 12KB
stack_0232_2x_SumCorr_autopick.star 3KB
EMD-2984_0004_autopick.star 2KB
Falcon_2012_06_12-14_57_34_0_autopick.star 13KB
stack_0225_2x_SumCorr_autopick.star 4KB
Falcon_2012_06_12-15_07_41_0_autopick.star 7KB
EMD-2984_0001_autopick.star 2KB
stack_0221_2x_SumCorr_autopick.star 5KB
EMD-2984_0000_autopick.star 2KB
stack_0224_2x_SumCorr_autopick.star 4KB
DRPnet.m 8KB
train_detection
GetDetectionTrainingSamples_bin_no_plot.m 7KB
GetDetectionTrainingSamples_bin.m 7KB
TRPV_32_64_pre2_88_r9.mat 55.91MB
Train_Detection_Network.m 5KB
utilities_fb
LabelCooccurence.m 855B
LinearizeBlocks_blockfast.m 775B
markcontours.m 826B
MatchLabel2Class_keepmajority.m 859B
ConvertGT.m 360B
PartitionImage2Blocks.m 609B
mapclass2label.m 625B
prepareData2test.m 1KB
ConvertGT_Cornea.m 399B
ComputeAccuracy.m 800B
LinearBlock2Class.m 521B
LinearizeBlocks_labels.m 773B
MatchLabel2Class.m 941B
PadImage4BlockCNN.m 415B
ConvertGT_Histo.m 360B
README.md 4KB
source
imagerange.m 1KB
GetTrainingClassificationSamples.m 5KB
CreateDetectionNet.m 2KB
DLout2centers3.m 2KB
ReadMRC.m 7KB
SetScaleFactors.m 3KB
PreprocessImage.m 2KB
cropsquare_up.m 2KB
WriteStarFile.m 2KB
ParseParams.m 2KB
SplitTrainValidTest.m 2KB
DetectParticles.m 5KB
RegressionMSELayer.m 2KB
ReadCoordinateTRPV.m 1KB
ReadCoordinateStar.m 1KB
ClassifyPrediction.m 4KB
TrainClassificationNet.m 3KB
google64e7268e2f03db37.html 53B
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