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图像如何分割matlab代码-octSegmentation:出版物“使用全局形状正则化的3-DOCT图像中概率性视网膜内层分割...
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2021-05-26
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图像如何分割matlab代码该软件包提供了一个用于分割用Matlab和C语言编写的OCT视网膜扫描的工具箱。详细的文档可以在documentation.pdf中找到。 相应的论文可以在这里找到:。 安装 将代码解压缩到任何目录中 在Matlab中,通过以下步骤将bash变量OCT_CODE_DIR设置为步骤1)中的目录: setenv('OCT_CODE_DIR',xxx); 其中xxx是指向该目录的字符串 调用函数compileMex来编译所有C函数 例子 该软件包提供了两种模型(数据文件/模型文件)用于循环扫描和3-D体积,并使用我们标记的基本事实进行了训练。 不幸的是,我们不允许发布任何这些扫描。 对于2-D,我们提供了一个demoscan,对于3-D,我们提供了使用外部数据集的演示脚本。 2维 运行useExampleScan2D.m以获取包中包含的循环扫描的分段 运行octGUI:加载matfile CircularScan.mat(datafiles / exampleScans)和模型文件(datafiles / modelFiles)并通过单击“ Segment”运行模
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octSegmentation-master.zip (92个子文件)
octSegmentation-master
compileMex.m 747B
training
helperFunctions
cglasso.c 13KB
preCalcTransitionMatrices.m 4KB
getCondTransMatrix.m 1KB
getCondTransMatrixC.c 2KB
setAppearanceDefaults.m 4KB
trainShape.m 5KB
trainModels.m 2KB
trainAppearance.m 5KB
setShapeDefaults.m 2KB
trainGlasso.m 2KB
documentation
documentation.pdf 511KB
collector
collectTrnData.m 6KB
helperFunctions
getRaster.c 912B
getAugmentedImage.m 1KB
extractShapeModel.m 2KB
fetchPatches.m 3KB
wrapperGetRaster.m 747B
checkFields.m 1KB
setCollectorDefaults.m 7KB
loadData.m 6KB
HDEVolImporter.m 12KB
collectTestData.m 2KB
preprocessing
scanlevel
addNoise.m 266B
sobel.m 676B
patchlevel
projToEigenspace.m 1KB
loadLabels.m 3KB
HDEMatImporter.m 8KB
prediction
predAppearance.m 6KB
helperFunctions
sumProductSparse.m 2KB
plotBScan.m 1KB
viterbiSparse.m 615B
sumProductSparseC.c 7KB
graphtopoorder.m 240B
predVariational.m 7KB
predVariationalSubFunctions
calcShapeTerms.m 2KB
initQC.m 15KB
leastSquaresSolve
BFGSLLeastSquares.m 2KB
BFGSLeastSquares.m 1KB
BFGSLLeastSquaresWindowed.m 2KB
NewtonLeastSquares.m 937B
calcLowRankMatVec.m 369B
helperFunctions
initSegmentation.m 7KB
checkForFolder.m 306B
addModes.m 6KB
calcFuncVals.m 3KB
calcShapeTermsWindowed.m 4KB
calcOT.m 2KB
calcOTWindowed.m 1KB
CCode
optQCCOld.c 9KB
optQCCFast.c 8KB
optQCCAvgVals.c 6KB
optQCC.c 6KB
calcFuncValsC.c 2KB
calcCondQB.c 3KB
calcMuAB2.c 2KB
optQCCFaster.c 7KB
optQBWindowed.m 1KB
optQB.m 6KB
optQC.m 7KB
checkPredictionGlobal.m 968B
calcPairwiseTerms.m 6KB
predGlassoGPU.m 1KB
post-processing
calcMask.m 3KB
setSegmentationDefaults.m 3KB
predGlasso.m 1KB
datafiles
modelFiles
healthyMargins3D.mat 837B
model3D.mat 7.81MB
healthyMargins2D.mat 551B
model2D.mat 1.07MB
exampleScans
circularScan.mat 2.03MB
circularScan_0_coordinates.mat 57KB
checkToolboxes.m 462B
LICENSE 1KB
INSTALL 1KB
libraries
labelTool.m 19KB
hash.m 3KB
printMessage.m 118B
conjgrad.m 826B
getuserdir.m 723B
evaluation
setEvalDefaults.m 784B
signedUnsigned.m 4KB
README.md 2KB
gui
textureModeViewer.m 5KB
printDataInTable.m 790B
plotting
displayAppearance.m 796B
makeQualityOverlay.m 2KB
octGUI.m 40KB
scripts
trainSrinivasan.m 3KB
predSrinivasan.m 5KB
genericCallerScript.m 2KB
exampleLabelingTool.m 2KB
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weixin_38587509
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