ATMEAG16L有两个8位定时/计数器(T/CO、T/C2)和一个16位定时/计数器（T/C1)。每一个计数器都支持PWM（脉冲宽度调制)输出功能。PWM输出在电机控制、开关电源、信号发生等领域有着广泛的应用。
ATMEAG16L的定时/计数器时钟是可以选择的。它的时钟部分包括预分频器和一个多路选择器。预分频器可被认为是一个有多级输出的分频器。ATMEAG16L用一个10位的计数器把输入时钟分为4种可选择的分频输出。多路选择器可设置使用某一个分频输出，或者不使用分频输出和使用外部引脚输入时钟，下图为预分频器的基本结构。
ATMEAG16L定时/计数器
