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java中异常的笔试题-Jprogdyn:高斯准经典和经典动力学
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2021-06-13
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java中异常的笔试题Jprogdyn 高斯准经典和经典动力学 内容 介绍 Jprogdyn是一个开源 Java 程序,用于使用高斯电子结构程序运行准经典和经典动力学计算。 Jprogdyn使用标准高斯freq计算的正常模式从给定的热力学系综中采样初始结构,并使用 计算轨迹。 这些轨迹可用于研究React的自由能表面或计算对 NMR 屏蔽的振动修正。 特征 与 Gaussian '09 和 '16 兼容 React轨迹 对 NMR 屏蔽的振动校正 振动的准经典或经典采样 旋转的经典采样 任意温度 一台计算机上的平行轨迹 安装 Jprogdyn需要 Java 1.8 或更高版本。 需要构建Jprogdyn 。 运行Jprogdyn需要类似 Linux(Mac、Cygwin、Unix 或实际 Linux)环境的工作副本。 安装过程如下: 下载并安装 、 和 。 克隆这个仓库: git clone https://github.com/ekwan/Jprogdyn.git 构建包: mvn package这会将已编译的类放在target文件夹中,但您不必直接操作那里的文件。 Jprogdyn
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Jprogdyn-master.zip (49个子文件)
Jprogdyn-master
.gitignore 256B
src
main
java
edu
harvard
chemistry
ekwan
Jprogdyn
AsciiBar.java 3KB
Loader.java 38KB
InputFileFormat.java 2KB
TrajectoryPoint.java 13KB
GaussianInputFile.java 4KB
GaussianOutputFile.java 14KB
InternalCoordinate.java 10KB
Singleton.java 159B
Propagators.java 5KB
Immutable.java 164B
package-info.java 209B
HarmonicOscillatorDistribution.java 13KB
NormalMode.java 3KB
Trajectory.java 19KB
Initializer.java 36KB
CalculationMethod.java 2KB
RotationalBoltzmann.java 14KB
NMRTrajectoryAnalyzer.java 12KB
Propagator.java 647B
OutputFileFormat.java 3KB
GaussianCalculationMethod.java 2KB
Element.java 1KB
Atom.java 3KB
FileFormat.java 159B
GaussianResult.java 2KB
GaussianJob.java 5KB
Molecule.java 7KB
TrajectoryAnalyzer.java 14KB
Units.java 2KB
TrajectoryExecutorService.java 3KB
test
java
edu
harvard
chemistry
ekwan
Jprogdyn
HarmonicTestGaussian.java 9KB
InitializerTest.java 5KB
analysis
placeholder 0B
test_files
methane_b3lyp_midix.out 100KB
dinitro_Cl_F-1H2O-ts-b3lyp_d3bj-631+gd-dmf_pcm.out 703KB
methane_b3lyp_midix_NMR_b3lyp_dz.out 25KB
LICENSE.txt 11KB
pom.xml 2KB
checkpoints
placeholder 0B
README.md 26KB
tutorials
reaction_tutorial_trajectories.config 14KB
methane_NMR_analysis.config 14KB
reaction_tutorial_analysis.config 14KB
methane_NMR_trajectories.config 14KB
gaussian
run_gaussian.sh 548B
img
reaction.png 28KB
velocity_verlet_velocity.svg 6KB
velocity_verlet_position.svg 8KB
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