在讨论Windows Server 2003操作系统中的IIS 6.0安全配置时，我们需要关注以下三个主要方面：设置主目录权限、删除不必要的扩展名映射、以及删除危险的IIS组件功能。这些措施对确保服务器的安全至关重要。接下来，我们将逐一分析这些方面的具体内容和配置步骤。
设置主目录权限是确保Web服务器安全的基础。对主目录权限的配置不当可能导致恶意用户上传恶意文件或执行未授权的操作。在IIS管理器中，通常需要对主目录进行以下设置：允许“读取”权限，这允许用户获取站点内容；在“执行权限”选项中选择“纯脚本”，这允许脚本文件被执行，但不包括可执行文件，从而限制了潜在的安全风险。
删除不必要的IIS扩展名映射是为了防止已知漏洞被利用。扩展名映射在IIS中用于将特定文件扩展名与对应的执行程序关联起来。例如，.ida和.idq文件的映射可能被用来执行Web服务器的索引服务漏洞。因此，仅保留必要的扩展名映射是明智的选择，尤其是当服务器仅支持ASP时，应将除.asp和.asa之外的所有映射删除。
删除危险的IIS组件功能是防止服务器被远程控制的关键措施。IIS组件中的某些对象，例如WSH（Windows Script Host）和Shell对象，如果配置不当，可能被用来执行本地文件系统上的可执行程序，从而导致服务器被远程控制。通过反注册这些组件来禁用它们，可以大幅降低安全风险。
为了进一步增强IIS 6.0的安全性，还需要采取以下补充措施：
1. 安装IIS时，只安装需要的服务组件。不安装如Index Server、FrontPage Server Extensions等不必要的组件。这些组件会带来额外的安全风险，因为它们可能含有未被及时打补丁的漏洞。
2. 关闭不必要的系统服务。许多系统服务在IIS服务器上是不必要的，甚至可能构成安全威胁。关闭这些服务可以释放系统资源，同时增强服务器的安全性。例如，Computer Browser服务、Task Scheduler服务、Routing and Remote Access服务、Print Spooler服务（除非服务器提供打印服务）等。
3. 更新和打补丁。安装完操作系统后，应立即安装所有可用的更新和安全补丁，以修补已知的安全漏洞。
4. 对Web应用程序进行安全检查。确保应用程序自身没有安全缺陷，并且不依赖于可能被攻击的IIS组件。
5. 审计和监控。开启安全审计和日志记录，定期审查安全日志，监控可疑活动，并及时响应安全事件。
通过上述措施，可以大幅提高IIS 6.0在Windows Server 2003上的安全性。然而，值得注意的是，没有任何一项措施能够保证服务器百分之百安全，因此，持续的安全评估和及时的响应是确保服务器长期安全运行不可或缺的部分。
