没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
em算法matlab代码-emvariantcalling:永恒的呼唤
共48个文件
m:16个
mat:10个
py:9个
需积分: 5 0 下载量 186 浏览量
2021-05-26
17:13:29
上传
评论
收藏 47.58MB ZIP 举报
温馨提示
em算法matlab代码永恒的呼唤 如何运行算法 解压缩软件“ samtools-1.9” 从DRIVE资料库下载文件“ homo.bam” 按照HOW_TO_samtools中的说明生成SAM文件 在Python脚本中加载SAM文件以生成矩阵(请参阅Python文件夹中的README) 使用python脚本生成.csv文件(请参阅Python文件夹中的自述文件) 将数据加载到Matlab并运行所选的算法脚本(请参阅Matlab文件夹中的README) 在此存储库中,您将找到: “ Matlab”文件夹:包含4次测试运行的代码及其执行结果。 1. 9M_SNP: contains the code 'em_variant_calling_test_snp.m' which runs the EM algorithms using the data of the first 9 milions nucleotides of the sequence. It just consider the SNP, so the INDELS are not included. It also con
资源推荐
资源详情
资源评论
收起资源包目录
emvariantcalling-master.zip (48个子文件)
emvariantcalling-master
HOW_TO_samtools 693B
Matlab
convert_to_full_instances.m 1KB
Experiment Results
9M_SNP
p_err_test_snp.m 1KB
performance_9M_snp.mat 3.34MB
em_variant_calling_test_snp.m 6KB
Full_Genome
p_err_test_full.m 1KB
toMatrixFull.m 324B
performance_full.mat 16.27MB
em_variant_calling_full.m 6KB
LINKS_simulation_results 111B
9M_Indel
em_variant_calling_indel.m 6KB
p_err_test_indel.m 974B
performance_indel.mat 4.04MB
performance_indel.m 2KB
Comp_N
performance_9000m.mat 4.03MB
em_variant_calling_test8_6.m 6KB
em_variant_calling_test8_2.m 6KB
performance_6500m.mat 2.84MB
em_variant_calling_test8_3.m 6KB
em_variant_calling_test8_4.m 6KB
performance_16M.mat 5.47MB
p_err_test_Comp_N.m 1KB
performance_350m.mat 378KB
em_variant_calling_test8_1.m 6KB
em_variant_calling_test8_5.m 6KB
performance_test_1500m.mat 835KB
performance_4000m.mat 1.86MB
performance_90m.mat 265KB
README.md 674B
README.md 4KB
GATK
gatk_instructions.sh 3KB
software
gatk-4.1.2.0.zip 4.49MB
gt_16M.vcf 9.78MB
dedupMetrics.txt 3KB
References
bty205.pdf 522KB
From FastQ data to high-confidence variant calls- the genome analysis toolkit best practices pipeline.pdf 471KB
GATK_BestPractices_pipe_happy_NIST_FASTQ_all.sh 5KB
samtools-1.9.tar.bz2 4.23MB
Python files
genMatrix_indel_obvious.py 6KB
getDiffs_ref.py 631B
genMatrixQ.py 4KB
gatkToVector.py 4KB
vcfToVector.py 4KB
README.md 2KB
genMatrix_indel.py 5KB
genMatrix.py 4KB
refToVector.py 887B
genMatrixQ_indel.py 6KB
共 48 条
- 1
资源评论
weixin_38517997
- 粉丝: 3
- 资源: 923
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
最新资源
- python-leetcode面试题解之第157题用Read4读取N个字符-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第156题上下翻转二叉树-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第155题最小栈-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第153题寻找旋转排序数组中的最小值-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第152题乘积最大子数组-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第151题反转字符串中的单词-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第150题逆波兰表达式求值-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第149题直线上最多的点数-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第148题排序链表-题解.zip
- python-leetcode面试题解之第147题对链表进行插入排序-题解.zip
资源上传下载、课程学习等过程中有任何疑问或建议,欢迎提出宝贵意见哦~我们会及时处理!
点击此处反馈
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功