matlab骨架提取源代码基于细胞脚手架接触形状的干细胞脚手架相互作用的3D测量
此源代码存储库包含用于从荧光共聚焦z堆栈的共注册对中分割细胞和支架的算法。
这些算法旨在执行:
单元分割(Java
1.8)
基于统计模型的纺粘涂层和纤维支架类型细分(Matlab
2015a)
基于平面几何模型的纺粘涂层脚手架分割(Matlab
2015a)
基于圆柱几何模型的纤维支架分割(Java和C
++)
骨骼和直径提取(C
++)
这些算法的应用已经在生物学假设,成像描述和数据描述中进行了描述。
也可以从获得细胞支架接触数据的数据和可视化。
要运行每种算法,请结合使用以下功能和可使用的测试文件:
细胞分割
Java类segment-validate
/
src
/
pipeline3D
/
Image3DProcessingPipeline.java
输入参数:
inputImagesFolder
imagesFileNameExtension
outputDirectory输出CSVFileName
thresholdMinimumValue
thresholdMaximumValue
thr
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