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matlab中的累加代码-HSM-AD:使用高光谱显微镜和机器学习自动检测纳米粒子
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2021-06-16
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matlab中的累加代码 HSM-AD 使用高光谱显微镜自动检测纳米颗粒纳米粒子被广泛用作生物医学成像探针和潜在的治疗剂。 随着新颗粒的开发和体内测试,表征它们的生物分布特征至关重要。 我们展示了一种新方法,该方法使用自适应算法分析高光谱暗场图像,以研究组织和给药纳米粒子之间的相互作用。 这种非破坏性技术可定量识别离体组织切片中的颗粒,并能够详细观察器官特异性清除机制、颗粒大小和纳米颗粒表面涂层的分子特异性引起的积累模式。 与电子显微镜下的纳米颗粒摄取研究不同,这种方法适用于大视野成像。 自适应高光谱图像分析具有出色的检测灵敏度和特异性,并且能够识别单个纳米粒子。 使用这种方法,我们收集了有关几种类型的金纳米粒子在小鼠中的亚器官分布的第一个数据,并观察了肿瘤中的定位模式。 图像显示,从左到右:染色切片的亮视野显微镜图像、暗视野显微镜、高光谱显微镜、纳米颗粒的检测,以橙色显示。 这项工作于 2016 年 8 月发表在 eLife 上: 如果您使用此代码,请引用我们的论文。 “一种分析组织学样品中纳米材料微生理学命运的高光谱方法”。 ED SoRelle、O Liba、JL Campbel
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HSM-AD-master.zip (24个子文件)
HSM-AD-master
LICENSE.txt 1KB
HSM-AD code
processImgAndGetStats.m 2KB
Utils
pixelSpectrum.m 989B
trainHyperspectral.m 2KB
5 clusters based on training on 4 images plus CA removal GNR is 2.mat 10KB
Envi
enviwrite.m 701B
envihdrread.m 4KB
enviinfo.m 1KB
envidataread.m 2KB
envidatawrite.m 3KB
envihdrwrite.m 1KB
envi_test.m 319B
enviread.m 740B
license.txt 1KB
Functions
detectGNRs.m 4KB
vignettCorrection.m 519B
adaptiveImgThr.m 1008B
convert2RGB.m 799B
equalizeRGBandUint3.m 1KB
equalizeRGBandUint.m 1008B
createFilt.m 507B
prepData.m 2KB
wave lengths.mat 2KB
README.md 2KB
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