有许多命令被设计来为专门的应用，它们主要是用来节省存储空间或减少执行时间。这些命令多数是如此 特殊以致它们都不包括在标准中，或者它们的使用仅限于特殊的应用领域。
对所有应用专用命令的列表将会胀破本章的范围。这里我们给出一个典型的例子，它仅仅是GSM 11.11的一 条专用命令，就是RUN GSM ALGORITHM（运行GSM算法）命令，它用来产生一个动态的卡专用密钥，并同时对 GSM的基础系统进行鉴别。对GSM应用来说这项功能是如此的专门，以致完全没有必要把它包括在一个通用的 智能卡标准中，它依赖于一个仅为GSM使用的加密算法，以及两个传送过来的随机数产生的初始值，对任何 其他应用都是
智能卡是一种嵌入式芯片，集成了微处理器、存储器等组件，用于处理各种数据和执行特定计算。在智能卡的应用中，为了满足特定场景的需求，有时会设计一些专有的命令，这些命令不包含在通用的智能卡标准中，但对特定应用来说是至关重要的。这些应用专用命令通常是为了优化性能，节约存储空间，或提高处理速度。
以GSM（Global System for Mobile Communications，全球移动通信系统）为例，其智能卡中有一条特殊的命令：RUN GSM ALGORITHM。这个命令是为了实现GSM网络的安全功能，它涉及到生成动态的卡专用密钥以及对GSM基础系统的身份验证。RUN GSM ALGORITHM命令的执行依赖于一个专门为GSM设计的加密算法，这个算法可能包含了非对称加密、对称加密、哈希函数等多种密码学技术，确保通信的安全性。
在执行RUN GSM ALGORITHM命令时，通常需要两个随机数作为输入，这些随机数由通信双方生成并交换，以增加攻击者破解的难度。生成的动态密钥可以用于加密通信数据，防止未经授权的监听和篡改。同时，通过这个命令，智能卡能够验证与之通信的基站或其他网络节点的身份，防止中间人攻击。
智能卡应用专用命令的特性决定了它们只适用于特定的应用环境，如GSM中的RUN GSM ALGORITHM命令，对于非GSM系统来说毫无意义。这种定制化的命令设计使得智能卡能更好地适应不同应用场景的复杂性和安全性需求。
然而，应用专用命令的存在也带来了一定的挑战。因为它们不被广泛标准化，所以需要开发人员对特定应用的智能卡有深入理解，才能正确地使用和维护这些命令。此外，这也增加了不同系统间互操作性的复杂性，如果一个智能卡需要在多种环境下工作，可能需要支持多种不同的专用命令，这会增加开发和维护的成本。
智能卡的应用专用命令是实现特定应用功能的关键，它们体现了智能卡的灵活性和可定制性，但也带来了兼容性和复杂性的问题。在实际应用中，需要根据具体需求和安全考虑来决定是否引入这样的专用命令，以达到最佳的性能和安全性平衡。
