通过ASE获取原子之间的距离1
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2022-08-03
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通过ASE获取原⼦之间的距离
原⼦之间的距离是计算化学中模型搭建，结果分析中经常需要分析的部分。⽽计算原⼦的之间的距离也⾮常简单，
通过可视化软件直接点两个原⼦就可以直接显示出来，可以通过⾃写的⼀些⼩脚本来实现。跟均相的体系不同，周
期性体系由于周期性边界的存在，有时候模型中两个原⼦之间的距离需要将周期性边界条件考虑进去才能正确得
到。今天简单介绍⼀个通过ASE获取原⼦之间的距离，并且考虑周期性边界条件的影响的⼩脚本。
具体例⼦展示⼀下：
图⾥⾯是 表⾯上吸附的⼀个Pt单原⼦模型，如果直接计算Pt和Ti之间距离的话，测量⼀下为 7.461 。
实际上我们把slab模型沿着y轴重复下就会发现，还有⼀个更短的Pt-Ti距离。
Å
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