# FEDD
Code repository for FEDD - Fair, Efficient, and Diverse Diffusion-based Lesion Segmentation and Malignancy Classification, published at MICCAI 2023. [Main Paper](https://arxiv.org/abs/2307.11654) & [Supplementary Materials](https://github.com/hectorcarrion/FEDD/blob/main/FEDD%20Supplementary%20Materials.pdf).
## Poster
![Poster](https://raw.githubusercontent.com/hectorcarrion/FEDD/main/FEDD%20MICCAI%202023%20Poster.png)
## sDDI - Segmentation Masks for Diverse Dermatology Images
Our sDDI segmentation dataset can be found on the `ddi_labeles` folder. This includes pre-split training, validation and testing sets for 5%, 10%, 15% and 20% of DDI (balanced) as well as an additional larger test set of annotations split per skin-tone (unbalanced) as described on the paper.
The labels are encoded as 2D numpy arrays where the value of each pixel corresponds to the label mask index. The value-to-class map is as follows:
* 0: Background
* 1: Lesion
* 2: Marker
* 3: Ruler
* 4: Skin
The filenames for each mask correspond to the original filenames per sample found on the DDI dataset. No images are shared on this github, only their corresponding masks. To get the original images please visit https://ddi-dataset.github.io/
## DDI classification labels
Malignancy classification labels are computed from the DDI dataset metadata file found at https://ddi-dataset.github.io/
## Training and inference code
The training and inference code for FEDD, previous SOTA DeepDerm and our baseline models are found as python notebooks in the `code` directory. Note that we trained on Google Colab connected to Google Drive so you may need to edit pointers to the data in order to run on your own local machine.
## Questions
For any questions, comments or additional data requests please contact hcarrion@ucsc.edu
Thanks!
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温馨提示
本项目聚焦于基于扩散的病变分割和恶性肿瘤分类,旨在提高医学影像在临床诊断中的应用。项目分为两部分:一是利用扩散技术对医学影像中的病变区域进行精确分割;二是结合分割结果,对恶性肿瘤进行分类。 在数据集方面,我们使用了公开的医学影像数据集,如BRATS、Medical Segmentation Decathlon等,并进行了预处理,包括格式转换、裁剪、翻转等操作。在环境搭建方面,我们使用Python编程语言,基于TensorFlow和PyTorch深度学习框架进行开发。为了提高计算效率,我们还使用了GPU加速计算。此外,我们还采用了Docker容器技术,确保实验结果的可重复性。 项目完成后,将实现对医学影像中病变区域的精确分割和恶性肿瘤的准确分类,为临床诊断和治疗提供有力支持。同时,项目成果也可应用于其他医学影像分析领域,如肿瘤检测、病变分割等。
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基于扩散的病变分割和恶性肿瘤分类内含数据集和环境搭建说明.zip (628个子文件)
FEDD_Segmentation_Classification.ipynb 23.21MB
DDI_Baseline_CNN_Classifiers.ipynb 2.06MB
DDI_Baseline_U_Nets_Segmentation.ipynb 834KB
DDI_DeepDerm_Classification.ipynb 400KB
README.md 2KB
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