根据提供的文件内容，以下是关于“苎麻木质素合成酶CAD基因的cDNA克隆及表达分析”的知识点：
1. CAD基因：CAD基因是指肉桂醇脱氢酶（Cinnamyl Alcohol Dehydrogenase）的编码基因，它在植物细胞壁木质素的生物合成中起关键作用。木质素是一种复杂的酚类聚合物，构成了植物细胞壁的骨架，为植物提供刚性和抗病虫害的能力。CAD基因编码的CAD酶负责将肉桂醛转化为肉桂醇，这是木质素生物合成途径中最后一个关键步骤。
2. 克隆技术：克隆技术是一种生物技术方法，用于复制特定的DNA序列。在本文中，使用了PCR（聚合酶链式反应）和RACE（快速扩增cDNA末端）技术来克隆苎麻栽培种湘苎3号CAD基因的全长cDNA序列。PCR是一种通过反复的温度变化循环，实现对目标DNA序列的特异扩增的技术。RACE是一种能够获得全长cDNA末端序列的技术，特别适用于全长cDNA的快速扩增。
3. 表达分析：表达分析是指研究特定基因在生物体内是如何被激活、转录和翻译成蛋白的过程。在本研究中，利用qRT-PCR（定量实时聚合酶链式反应）技术对木质素含量不同的四种苎麻品种的CAD基因在茎秆韧皮部和木质部的表达水平进行了定量分析。qRT-PCR是一种结合了实时PCR技术和RT-PCR（逆转录聚合酶链式反应）的技术，能够实时监测和定量基因表达水平。
4. 木质素染色：木质素染色是一种用于检测植物组织中木质素分布和含量的技术。研究中使用了1%间苯三酚和25%盐酸对四种苎麻茎横切片进行特异染色，观察了品种间木质素染色度的差异。这种方法可以直观显示出木质素在植物组织中的积累情况，从而与CAD基因表达水平进行相关性分析。
5. 生物信息学分析：生物信息学是指应用计算机技术分析生物数据，以理解生物分子和细胞结构、功能及其相互作用。在本研究中，通过BLAST（基本局部比对搜索工具）分析和蛋白质结构分析，比较了推导出的BnCAD蛋白与已知植物木质素合成酶CAD的同源性。结果显示，该推导蛋白质与多种植物木质素合成酶CAD的同源性均超过90%，特别是与蒺藜苜蓿的同源性高达97%。
6. 针对CAD基因的表达水平分析结果：研究结果表明，在韧皮部中CAD基因的表达水平与木质素染色度呈正相关。具体地，湘苎1号和湘苎3号的韧皮部CAD基因表达水平明显高于木质部，说明在这些品种中，CAD基因在韧皮部的活性更高，可能导致木质素的积累更多。而对于城步青麻品种，木质部的CAD基因表达水平高于韧皮部，这可能意味着木质素在木质部中更为丰富。湘潭大叶白品种的韧皮部和木质部CAD基因表达水平接近。
这项研究通过克隆和表达分析揭示了CAD基因在不同品种苎麻中表达模式的差异，以及这些差异与木质素含量的相关性。研究结果不仅对深入理解植物木质素的生物合成途径有重要意义，也可能为通过分子育种技术改良作物木质素含量提供理论依据。
