cytoscape使用教程

Cytoscape是一款开源的网络可视化和分析软件，最初用于生物学领域，整合分子间相互作用的网络和分子状态信息。Cytoscape支持通过插件扩展，以适应各种附加的计算分析和功能需求。其核心功能包括基础的网络布局、查询以及将数据整合为可视化网络。软件的界面布局清晰，包括菜单栏、编辑、视图、选择、布局、插件和帮助等主要部分。 Cytoscape安装时需要满足系统性能要求，包括足够的内存和栈空间。新版本如2.6包含了多个新特点，例如WebServiceClientManager框架用于整合网络服务客户端，以及动态过滤、标签位置改进和改良的XGMML等功能，以提升软件的执行性和可用性。此外，该版本还修复了许多bug。 Cytoscape的网络是由节点（如分子、因子、蛋白质）和边（代表两点间的交互关系）组成。用户可以通过Cytoscape分析网络数据，并将网络与文件、表型和其他分子状态信息关联。Cytoscape支持与大型数据库的交互，例如蛋白质、DNA以及遗传信息相关的数据库。 Cytoscape的发展受到了多个研究机构和公司的支持，例如Institute for Systems Biology、加利福尼亚大学圣地亚哥分校、纪念斯隆-凯特琳癌症中心、巴斯德研究所、安捷伦科技、加利福尼亚大学旧金山分校等。软件遵循GNU LGPL协议，允许用户免费使用，并且可以在线获取其开源库和相关的详细信息。 用户在使用Cytoscape时，可以使用其File（文件）、Edit（编辑）、View（视图）、Select(选择)、Layout（布局）、Plugins（插件）和Help（帮助）等功能来完成网络的构建、编辑、分析等工作。该软件支持多网络选择和保存，标签位置的优化，以及会话的内存保存等功能。 Cytoscape的主题和样式支持用户的个性化需求，用户可以根据自己的偏好选择或创建不同的视觉样式。同时，Cytoscape可以与外部服务如NCBI Entrez、Gene BioMart进行集成，以支持网络数据的下载和ID转换等功能。 Cytoscape为研究人员提供了一个强大的平台，以便他们能够更好地可视化和分析复杂的网络数据。由于其开源的性质，用户可以免费使用和修改软件，同时也可以参与到软件的开发和改进中，通过社区贡献新的插件或反馈错误和改进建议。