# Skeleton for week 2 lab course
Data/
This contains the data to analyze
This is the result of md simulations in gromacs of beta amyloid protein
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Analysis
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深入计算物理化学项目.zip
共109个文件
md:21个
lmp:17个
inp:10个
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2024-03-25
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《深入计算物理化学项目》是一个综合性的学习资源,旨在帮助学生和专业人士深入了解计算物理化学这一领域。该项目可能包含了丰富的课程资料、实验数据、代码实现以及详细的项目指南,为商业研发和毕业设计提供了宝贵的参考。 在"comp-lab-class-2022-main"这个目录下,我们可以推测这是一个2022年的计算物理化学实验室课程的主要内容。通常,这样的目录会包含课程大纲、课件、编程作业、实验报告模板等。课程大纲可能会涵盖计算化学的基本概念、分子动力学模拟、量子力学方法(如哈特里-福克方程、密度泛函理论)以及高级主题如蒙特卡洛方法。课件则会详细解释这些概念,并通过实例展示如何运用它们来解决实际问题。 编程作业和实验可能涉及到使用各种计算化学软件工具,如Gaussian、ORCA、VASP等,或者编写自己的代码来执行特定的计算任务。参与者可能需要掌握Python、Fortran或C++等编程语言,因为这些语言在科学计算领域被广泛使用。 "纵向毕业季.bmp"可能是一个庆祝毕业季节的图片,但它也暗示了该项目可能包含一些关于毕业设计的指导。在计算物理化学的毕业设计中,学生可能需要选择一个具体的研究题目,比如研究新材料的电子性质、预测化学反应机理或是优化催化过程。他们将应用所学的计算方法来分析数据、模拟系统行为并得出结论。这通常涉及文献调研、模型建立、数值求解以及结果验证。 这个压缩包提供的资源对于那些希望在计算物理化学领域深化理解、提升技能或进行创新性研究的人来说是极其宝贵的。无论是商业研发团队还是学生,都可以从中获取到实践经验和理论知识,从而推动他们在计算化学的道路上更进一步。通过参与这样的项目,不仅可以提升个人的技术能力,还能培养独立解决问题和团队合作的精神。
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深入计算物理化学项目.zip (109个子文件)
README.bash 2KB
纵向毕业季.bmp 2.79MB
dftd3.dat 1.87MB
1hz3_T310.run.25000000.edr 335KB
METADYN-1.ener 7.5MB
NPT-1.ener 6.25MB
METADYN-1.ener 3.42MB
MONITOR-1.ener 1.25MB
NVT-1.ener 1.25MB
1hz3.clean_eq_c0_T310_npt.gro 912KB
1hz3_T310.start.nowater.gro 18KB
adp.gro 1KB
GTH_POTENTIALS 126KB
METADYN-pos-1.xyz.gz 29.98MB
metad_v1.out.gz 20.54MB
METADYN-pos-02.xyz.gz 17.16MB
METADYN-pos-01.xyz.gz 17.14MB
METADYN-pos-00.xyz.gz 17.12MB
METADYN-pos-03.xyz.gz 13.96MB
MONITOR-pos-1.xyz.gz 11.76MB
metad_v1_hills.out.gz 9.72MB
monitor.out.gz 3.48MB
HFX_BASIS 17KB
2dWCA.in 1KB
water.inp 5KB
metadynamics.inp 3KB
metadynamics.inp 3KB
metadynamics_freqhills.inp 3KB
metadynamics.inp 3KB
monitor.inp 3KB
monitor.inp 3KB
em.inp 3KB
nvt.inp 2KB
npt.inp 2KB
complex.inpcrd 1.75MB
end_end.ipynb 49KB
create_3d_binary.lmp 937B
production_3d_binary.lmp 927B
anneal_3d_binary.lmp 793B
kalj_n360_T0.45.lmp 411B
kalj_n360_T0.475.lmp 409B
kalj_n360_T0.5.lmp 407B
kalj_n360_T0.55.lmp 406B
kalj_n360_T0.6.lmp 392B
kalj_n360_T0.65.lmp 389B
kalj_n360_T0.7.lmp 387B
kalj_n360_T0.8.lmp 387B
kalj_n360_T0.9.lmp 386B
kalj_n360_T1.0.lmp 384B
kalj_n360_T1.5.lmp 384B
kalj_n360_create.lmp 322B
kalj_particles.lmp 205B
kalj.lmp 133B
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Assignment.md 4KB
Assignment.md 4KB
Assignment.md 4KB
Assignment.md 4KB
Assignment.md 3KB
Assignment.md 2KB
Assignment.md 2KB
Assignment.md 2KB
Assignment.md 968B
Assignment.md 815B
README.md 351B
README.md 204B
README.md 135B
Readme.md 0B
README.md 0B
README.md 0B
README.md 0B
README.md 0B
README.md 0B
README.md 0B
adp_T300.mdp 1KB
METADYN-COLVAR.metadynLog 484KB
METADYN-COLVAR.metadynLog 219KB
MONITOR-COLVAR.metadynLog 95KB
METADYN_localLog_p14.out 2KB
slurm-27629713.out 855B
slurm-27654528.out 762B
1hz3_T310.run.25000000.energy.out 731B
1UBQ_processed.pdb 109KB
1UBQ.pdb 78KB
dialaB.pdb 2KB
dialaA.pdb 2KB
example_before_after.png 793KB
complex.prmtop 9.13MB
complex_LJ_mod.prmtop 9.13MB
complex_LJ_mod.prmtop 34B
complex_LJ_mod.prmtop 34B
complex_LJ_mod.prmtop 34B
end_end.py 973B
METADYN-1.restart 8.07MB
MONITOR-1.restart 8.01MB
NPT-1.restart 8MB
MONITOR-1.restart 28B
NPT-1.restart 16B
run_metad_1.sh 284B
run_monitor.sh 238B
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