蛋白软件安装：并行环境openmpi、relion GPU版（fftw、fltk）、coot、pymol、Gautomatch等
需积分: 0 178 浏览量
2023-04-13
17:48:00
上传
评论
收藏 75KB DOCX 举报
1. OpenMPI 环境搭建 （NVIDIA 驱动和 cuda 之后安装）
（1）下载和解压
wget https://www.open-mpi.org/software/ompi
tar -jxvf openmpi-3.0.tar.bz2
（2）配置，编译和安装
yum –y install gcc 安装 C 语言
yum –y install gcc-c++ 安装 C++语言
./configure --prefix=/share/app/protein/openmpi3.0
make
make install
说明：如果不指定--prefix，那么默认的安装路径是/usr/local/lib
（3）配置环境变量（/etc/profile.d/openmpi）
export PATH=$PATH:/share/app/protein/openmpi3.0/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/share/app/protein/openmpi3.0/lib
source /etc/profile
临时环境变量：
export PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin
測試：mpic++ -showme:version
或者：cd /openmpi 解压目录 example 下，make
mpirun –np 4 hello_c
2、NVIDIA 显卡驱动安装
下载地址：http://cn.download.nvidia.com/XFree86/Linux-x86_64/384.90/NVIDIA-
Linux-x86_64-384.90.run
1、 装备：安装编译环境 yum install xorg-x11
gcc kernel-devel kernel-headers
2、修改/etc/modprobe.d/blacklist.conf 文件，以阻止 nouveau 模块的加载
centos 7 系统在/usr/lib/modprobe.d/dist-blacklist.conf
3、方法： 添加 blacklist nouveau，注释掉 blacklist nvidiafb
4、重新建立 initramfs image 文件
mv /boot/initramfs-$(uname -r).img /boot/initramfs-$(uname -r).img.bak
dracut -v /boot/initramfs-$(uname -r).img $(uname -r)
5、修改/etc/inittab，使系统开机进入 init 3 文本模式:将最后一行“id:5:initdefault:”修改成
“id:3:initdefault:”（不包含引号）
Linux 7 系统命令行模式:systemctl set-default multi-user.target
图形：systemctl set-defatult graphical.target
4008868616
6、.重启
7、输入 root 和 password，进入根用户模式下, lsmod | grep nouveau 确保 nouveau kernel
资源评论
