openworm-SegWorm.zip资源-CSDN文库

共779个文件

m：339个

html：336个

png：52个

版权申诉

10 浏览量 2023-08-08 12:13:54 上传评论收藏 14.77MB ZIP 举报

"openworm-SegWorm.zip" 是一个与OpenWorm项目相关的压缩文件，该文件可能包含用于研究和模拟线虫（Caenorhabditis elegans）行为和生理结构的资源。OpenWorm是一个开放源代码的生物学项目，旨在通过计算机模型来复现这种小型生物的完整功能。该项目的目标是构建一个数字化的线虫，从而更好地理解生物体的复杂系统。在该压缩包中，我们可以预期找到与MATLAB相关的代码和数据，因为"matlab"是给定的标签之一。MATLAB是一种强大的计算环境，广泛用于科学计算、数据分析和算法开发。在OpenWorm项目中，MATLAB可能被用来处理和分析线虫的生理数据，构建数学模型，或者创建可视化界面。文件列表中的"openworm-SegWorm"可能指的是OpenWorm项目的某个特定部分，可能是对线虫身体结构的分割和识别模块。在生物学研究中，"SegWorm"可能代表线虫的分割工作，即把线虫的图像分割成各个部分，以便进行更详细的分析。这通常涉及到图像处理和机器学习技术，如阈值分割、边缘检测和形态学操作。在MATLAB中处理这样的任务，可能涉及以下知识点： 1. 图像读取与显示：使用`imread`和`imshow`函数来加载和查看线虫的图像。 2. 图像预处理：包括灰度化、直方图均衡化、滤波等，以改善图像质量，便于后续分析。 3. 图像分割：使用阈值分割、区域生长、边缘检测（如Canny算法）或基于机器学习的方法（如支持向量机、卷积神经网络）将线虫从背景中分离出来。 4. 形态学操作：膨胀、腐蚀、开闭运算等，用于去除噪声，连接断开的结构，或者分离紧密相连的物体。 5. 数据分析：对分割结果进行测量和统计，例如计算线虫的长度、宽度、弯曲程度等。 6. 三维重建：如果涉及到线虫的三维结构，可能会用到体素化和表面重建技术。 7. 可视化：利用MATLAB的`patch`或`surf`函数创建3D模型，或者用`plot`函数展示线虫的行为轨迹。这些工具和方法结合在一起，可以帮助科学家们理解和模拟线虫的生理结构，进一步探索其行为模式和生物学特性。在OpenWorm项目中，这样的分析可能为生物学研究提供新的见解，并推动计算生物学的发展。

资源推荐

资源详情

资源评论

收起资源包目录

openworm-SegWorm.zip （779个子文件）

m2html.css 1KB

trainingData.csv 69KB

data_viewer.fig 5.15MB

progress_verbose.fig 22KB

chunkViewer.fig 18KB

headcorrector.fig 16KB

progress_verbose4.fig 14KB

analysisStatus.fig 14KB

videoSelector.fig 13KB

preferences.fig 9KB

wormViewer.fig 8KB

module3control.fig 5KB

wormDiagnostics.fig 5KB

main_GUI_automatic.fig 4KB

progress.fig 4KB

errorViewer.fig 3KB

about.fig 2KB

simulinkicon.gif 977B

char_icon.GIF 871B

logic_icon.GIF 869B

struct_icon.GIF 866B

double_icon.GIF 866B

unknown_icon.GIF 862B

obj_icon.GIF 855B

cell_icon.GIF 853B

structarray_icon.GIF 852B

matlabicon.gif 574B

demoicon.gif 214B

.gitignore 531B

text2im.html 254KB

multiScaleWorm.html 151KB

methodsTIF.html 137KB

findStageMovement.html 115KB

segWorm.html 115KB

worm2detailsTIF.html 112KB

worm2summaryTIF.html 104KB

worm2pathTIF.html 94KB

norm2Worm.html 82KB

wormEvents.html 76KB

worm2TOCOntologyTIF.html 76KB

worm2summaryPDF2.html 76KB

graph.html 65KB

wormBends.html 62KB

worm2CSV.html 61KB

plotWormStats.html 59KB

worm2detailsPDF2.html 57KB

wormFileSummary.html 55KB

worm2StatsInfo.html 53KB

worm2func.html 53KB

wormStats2Ontology.html 52KB

plotHistogram.html 51KB

overlayWormTouch.html 50KB

worm2NormTimes.html 47KB

segWormVideo.html 47KB

wormDisplayInfo.html 45KB

plotWormPath.html 44KB

videoPlayer.html 42KB

plotWormPathData.html 42KB

linearSkeleton.html 42KB

worm2histogram2.html 41KB

worm2pdf.html 40KB

printWormStatsMatrix.html 39KB

worm2struct.html 38KB

normWorms.html 37KB

orientWormPostCoil.html 36KB

coiledSkeleton.html 36KB

cleanWorm.html 36KB

worm2poly.html 35KB

findEvent.html 35KB

videoReader_concat.html 34KB

addWormHistograms.html 34KB

multiScaleDiff.html 34KB

wormStatsInfo2CSV.html 33KB

saveWormFrames.html 32KB

cleanWorm2.html 31KB

video2Vignette.html 31KB

histogram.html 31KB

worm2histogram.html 30KB

wormStatsMatrix2CSV.html 29KB

wormStats2Matrix2.html 27KB

plotWormStatsMatrix.html 27KB

wormStatsInfo.html 27KB

bendAndSpeedTest.html 27KB

worm2TIF.html 26KB

worm2stats.html 26KB

addWormStats.html 26KB

segWormFrames.html 26KB

addframe.html 26KB

headTailMovementConfidence.html 26KB

video2Diff.html 25KB

loopedSkeleton.html 24KB

graph.html 24KB

videoReader.html 24KB

wormVelocityTest.html 24KB

wormDataInfo.html 23KB

plotWormStatsMatrix2.html 23KB

共 779 条

function imtext=text2im(text) % text2im - generates an image, containing the input text % Code courtesy of Matlab central from author Tobias Kiessling. text=text+0; % converting string into Ascii-number array laenge=length(text); imtext=zeros(20,18*laenge); % Preparing the resulting image for i=1:laenge code=text(i); % Ascii code of i.th letter if code==0 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % . 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % . 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % . 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % I Complete 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % I List of all 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % \ I / 256 ASCII 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % \I/ Letters 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % V 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % . 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % . 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; % . 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]; elseif code==1 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,0,0,1,1,1,1,0,0,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,0,0,1,1,1,1,0,0,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1; 0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]; elseif code==2 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]; elseif code==3 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]; elseif code==4 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]; elseif code==5 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,1,1,0,0,0,0,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]; elseif code==6 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]; elseif code==7 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1]; elseif code==8 TxtIm=[1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,1,1; 0,0,0,0,1,1,1

评论收藏

内容反馈

版权申诉