SSR数据分析.doc
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2022-12-23
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SSR 数据分析
现在我得到了一组微卫星的数据，如下:
Loc1, Loc2, Loc3, Y-linked, Loc4
POP
AA8, 0405 0711 0304 0000 0505
AA9, 0405 0609 0208 0000 0505
A10, 0205 0609 0101 0000 0305
A11, 0405 0606 0102 0000 0504
A12, 0202 0609 0105 0000 0507
A13, 0505 0909 0107 0000 0505
A14, 0202 0609 0207 0000 0503
A15, 0405 0609 0101 0000 0505
Pop
AF, 0000 0000 0000 0000 0505
AF, 0205 0307 0102 0000 0505
AF, 0202 0609 0202 0000 0505
AF, 0205 0909 0000 0000 0505
AF, 0205 0307 0202 0000 0505
AF, 0505 0303 0102 0000 0505
AF, 0205 0700 0000 0000 0505
AF, 0505 0900 0000 0000 0405
AF, 0205 0600 0000 0000 0505
AF, 0505 0606 0202 0000 0505
pop
C45, 0505 0606 0202 0000 0505
C45, 0505 0909 0202 0000 0505
C45, 0505 0306 0202 0000 0505
C45, 0505 0909 0102 0000 0405
C45, 0205 0303 0202 0000 0505
想要得到该群体的 Ho(观测杂合度)，He(期望杂合度），以及分析这些群体是否偏离 Hardy－Weinberg 平衡，计算它们的遗传距离。求高人指点一
下得到以上数据的操作方法，谢谢，不胜感激
不是群体偏离 HWE，是位点
采用淀粉凝胶电泳方法，分析了 9 个酶系统，分析结果表明，居群的遗传变异处于较低水平，多态性位点
比率 P=18.52%,等位基因平均数 A=1.22，等位酶基因多样度指数 Ho=0.02，He=0.067。固定指数 F 为 0.58。
总的基因位点变异中，有 45.6%的变异来自于居群间，54.4%的变异存在于居群内。
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