【3′-RACE法(快速cDNA末端扩增法)】
3′-Rapid Amplification of cDNA Ends,简称3′-RACE法,是一种用于获取mRNA分子全长cDNA序列的技术。在基因工程研究中,获取完整基因序列对于理解基因功能、蛋白质结构以及调控机制至关重要。传统的RT-PCR(逆转录PCR)方法往往难以扩增出全长cDNA片段,因为它们主要针对已知的内部序列。3′-RACE法通过利用已知的部分cDNA序列,针对性地扩增mRNA的3′末端,从而解决这个问题。
**3′-RACE法的原理**
3′-RACE法的核心在于一个特殊的反转录引物——Oligo dT-3sites Adaptor Primer。这个引物包含两部分:TaKaRa独特设计的dT区域,能够高效地与mRNA的poly(A)尾结合,以及3sites Adaptor Primer,其序列包含了Xba I、Kpn I和Bam HI三种限制酶切割位点,便于后续的克隆操作。在反转录过程中,Oligo dT-3sites Adaptor Primer与mRNA的poly(A)尾结合,然后反转录酶(如AMV Reverse Transcriptase XL)催化合成cDNA。接着,通过PCR步骤,使用特定的上游引物和3sites Adaptor Primer,扩增出目标cDNA的3′末端。这种方法允许研究人员特异性地扩增目标mRNA的3′端,即使目标序列未知。
**试剂盒内容**
Full RACE Core Set试剂盒包含了40次3′-RACE实验所需的试剂,包括:
1. AMV Reverse Transcriptase XL
2. RNase Inhibitor
3. Oligo dT-3sites Adaptor Primer
4. RNase Free dH2O
5. 3sites Adaptor Primer
6. 10 × RNA PCR Buffer
7. dNTP Mixture
8. MgCl2
9. Control F-1-3sites Adaptor Primer (正向控制引物)
10. Positive Control RNA
**实验操作**
实验者需要提供两个关键成分:扩增目标DNA片段的上游特异性引物和适当的PCR用DNA聚合酶,例如TaKaRa TaqTM、TaKaRa Ex Taq或TaKaRa LA Taq。正向控制引物和阳性对照RNA则用于验证实验流程的正确性。
**保存条件**
所有试剂应在-20℃下保存以保持活性。
**3′-RACE法的应用**
3′-RACE法广泛应用于基因全长克隆、转录起点确定、剪接变异检测等领域。通过这种方法,研究人员可以获取基因的完整开放阅读框,这对于基因功能研究、基因表达分析以及疾病相关突变检测具有重要意义。
3′-RACE法是生物学研究中一个强大的工具,尤其适用于需要获取全长cDNA序列的情况。Full RACE Core Set试剂盒提供了进行3′-RACE实验所需的所有必要组件,使得实验过程更加简便高效。