# Design CAIPI sampling pattern and write to .mat file
Python code for designing Cartesian ky-kz undersampling
following the CAIPI pattern.
The sampling pattern is written to a .mat file.
See https://github.com/mrphysics-bonn/skipped-caipi.
## Usage example
Design CAIPI pattern suitable for SMS fMRI, with the following parameters:
ny = 64 (y matrix size)
nz = 6 (z matrix size)
Ry = 1
Rz = 6 (multiband factor)
Dz = 2 (CAIPI shift along z)
S = 1 (segmentation factor)
From linux command line:
```
$ python skippedcaipi_sampling.py 64 6 1 6 2 1
```
This creates the file `caipi.mat` that can be loaded into MATLAB.
```
caipi.mat:
indices [64 2] sampling indeces for one shot
mask [64 6] sampling pattern
```
## Run test
Generate CAIPI pattern and plot.
To run from Linux command line:
```
$ python caipitest.py
```
From Python prompt (REPL):
```
>>> import caipitest
>>> # To run again in the same session:
>>> import importlib
>>> importlib.reload(caipitest)
```
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脑干 fMRI 采集和重建matlab代码.rar
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2024-06-14
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脑干 fMRI 采集和重建matlab代码
brainstem-main
caipi
caipitest.py 837B
caipi.mat 5KB
skippedcaipi_sampling.py 8KB
__pycache__
skippedcaipi.cpython-310.pyc 4KB
skippedcaipi_sampling.cpython-38.pyc 6KB
skippedcaipi.cpython-38.pyc 4KB
skippedcaipi_sampling.cpython-310.pyc 6KB
skippedcaipi.py 5KB
README.md 1006B
excitation
getsmspulse.m 5KB
rf2pulseq.m 885B
getsmsphase.m 643B
g2pulseq.m 904B
makeSeq3Dcal.m 12KB
makeSeq3Dloop.m 11KB
recon3Dsa.m 7KB
README.md 12B
attic
scripts
makeSeq2D.m 11KB
makeSeq3D.m 11KB
makeSeqSegmented.m 11KB
recon3Dpfile.m 4KB
reconSegmented.m 4KB
recon2D.m 3KB
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