(完整word版)10分钟教你掌握分子对接模拟软件(医药向).doc
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2022-11-15
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(完整 word 版)10 分钟教你掌握分子对接模拟软件(医药向)
首先介绍一下自己吧，本人毕业于南方某知名 211 大学药学系,目前于澳门科技大学攻读硕士研
究生.从本科开始自己就在接触 CADD（计算机辅助药物设计）方面的软件知识,在此将分享一些
自己的纯干货！下面将以一个实例操作带大家迅速认识和掌握分子模拟对接，希望给各位从事
医药行业和药物化学合成的同学带来帮助。
话不多说，下面进入正题。
首先我们搞清楚一个概念：什么是分子模拟对接.分子模拟对接简单来说就是利用电脑软件将受
体蛋白与配体分子进行模拟对接，计算它们的结合能(KJ/MOL)大小来判断结合是否紧密，若结
合效果比较理想，那么该蛋白受体或配体则是我们理想的分子，可以进一步进行实验室操作，
避免盲目实验带来的人力经济损失.
接下来我将介绍一下本篇文章的主角，也是我们所要用到的软件 PyRx、Chemdraw、AutodockTools
以及 PyMol.为了便于理解，简要概括之:Chemdraw 为化合物分子绘图软件;PyRx 为 Autodock Vina
算法搭载软件，能够调用其算法直接进行模拟对接；AutodockTools 是 PyMol 为对接结果成像软
件，可以进一步分析其结构.
下面正式进入正题，我将大致分为三个板块来进行推进：受体配体的准备;分子对接；结果分析.
研究类型为：已知若干配体分子结构，通过受体蛋白测试配体分子活性。
本次筛选意在以 COMT 酶为受体，从 20 种与常见氨基酸形成环二肽的目标化合物中筛选出与 COMT
酶受体结合最为紧密的一种环二肽结构，大大减少了随机筛选的盲目性，有利于进一步研究该
类化合物分子的生物学活性与改造成抗帕金森疾病前药的可能。图 1 展示了 20 种不同环二肽结
构物质的统一结构,随着 R 基团的不同，所对应的氨基酸也不同。而表 1 则展示了 20 种不同环
二肽的分子式。
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