基于pytorch+ResNet50的眼部疾病图片分类源码+文档说明.zip

## README ### 项目简介 1. 本项目用于对眼部疾病的OCT图像进行分类，目前支持ResNet18, 34, 50和VGG16，19这5个经典的网络，在测试集上的准确率可以达到90%以上。另外，我们也尝试了使用3D-ResNet对图像进行分类，由于3D-ResNet参数量巨大，需要海量数据才能训练好，所以，目前3D-ResNet的准确率并没有超过经典网络。 2. 本项目基于`pytorch1.6`深度学习框架，运行过程也依赖如下一些`python`库： + `matplotlib` + `seaborn` + `PIL` + `torchvision` + `opencv-python` + `sklearn` + `tqdm` 运行时如果仍然提示某些库未安装，请根据报错信息安装相应的库。 3. 本项目包含以下`python`文件： ``` metric.py: 用于分类任务常见指标的计算 preprocess.py: 用于经典网络的数据预处理 divide_trdev.py: 用于经典网络的数据集划分 classification.py: 用于经典网络的训练 dataset.py: 用于3D-ResNet网络的数据集划分、数据加载 resnet.py: 用于3D-ResNet网络的实现 train_3d.py: 用于3D-ResNet网络的训练 ``` 运行本项目时，请确保上述文件均位于同级目录之下。 4. 本项目的数据集包含5类眼部疾病，每类疾病有100名病人，每名病人大约有19张OCT图像，数据集的目录结构大致如下： ``` DIP_data |__AMD | |__A-0001 | | |_Z-0000.tif | | |_Z-0001.tif | | |_ ... | | |_Z-0018.tif | |__A-0002 | | |_... | |__... |__DME |__NM |__PCV |__PM ``` ------ ### 经典网络训练流程 1. 运行预处理脚本`preprocess.py`生成预处理后的数据集，该脚本的使用说明如下： ``` usage: preprocess.py [-h] [--src_root_path SRC_ROOT_PATH] [--dst_root_path DST_ROOT_PATH] Data preprocess for image classification optional arguments: -h, --help show this help message and exit --src_root_path SRC_ROOT_PATH the absolute path of the whole dataset --dst_root_path DST_ROOT_PATH the path to store the preprocessed image ``` 2. 预处理脚本会将处理之后的所有图片按照原来的目录结构保存，所以会有两份数据，一份是原始数据，一份是预处理之后的数据，假设原始数据的顶层目录路径为`/your/path/to/DIP_data`，预处理之后数据的顶层目录路径为`/your/path/to/DIP_data_pre`。 3. 运行`divide_trdev.py`，划分数据集。该脚本的使用说明如下： ``` python divide_trdev.py --help usage: divide_trdev.py [-h] [--data_path_ori DATA_PATH_ORI] [--data_path_pre DATA_PATH_PRE] [--use_val USE_VAL] Divide the whole data set in to train set and test set optional arguments: -h, --help show this help message and exit --data_path_ori DATA_PATH_ORI the path of the whole original data set, e.g. /home2/wenyang/guest/data/DIP_data --data_path_pre DATA_PATH_PRE the path of the whole preprocessed data set, e.g. /home2/wenyang/guest/data/DIP_data_pre --use_val USE_VAL if True, divide the whole data set in to train, validate and test set, else only train and test ``` 比如下面的命令就会将数据集划分为训练集和测试集，并生成对应的路径文件： ```bash python divide_trdev.py --data_path_ori /home2/wenyang/guest/data/DIP_data --data_path_pre DATA_PATH_PRE \ --use_val False ``` 运行之后，当前目录下将新增`train.txt`、`val.txt`、`ori_train.txt`、`ori_val.txt`。 4. 运行`classification.py`，进行网络训练。该脚本的使用说明如下： ``` python classification.py -h usage: classification.py [-h] [--batch_size BATCH_SIZE] [--num_epochs NUM_EPOCHS] [--model MODEL] [--optimizer OPTIMIZER] [--lr LR] [--weight_decay WEIGHT_DECAY] [--preprocess PREPROCESS] Image classification optional arguments: -h, --help show this help message and exit --batch_size BATCH_SIZE batch size, default 8 --num_epochs NUM_EPOCHS the number of epochs to train the model, default 25 --model MODEL the model to train, only supported resnet18, 34, 50 and vgg16, 19, default resnet18 --optimizer OPTIMIZER optimizer to optimize the model parameters, default adam --lr LR learning rate, default 0.0001 --weight_decay WEIGHT_DECAY weight_decay, default 0 --preprocess PREPROCESS wheather or not to use the preprocessed images, can only be True or False, default True ``` 该脚本所有需要的参数已经提供了默认值，直接运行`python classification.py`，相当于运行下面的命令： ```bash python classification.py --model resnet18 --optimizer adam --batch_size 8 --lr 0.0001 \ --weight_decay 0 --preprocess False --num_epochs 30 ``` 表示使用的模型为ResNet18,，优化器为Adam，batch size为8，学习率为0.0001，权重衰减为0，图像不进行预处理，训练轮数为30轮。 首次运行该脚本会在当前目录下生成`images/`、`logs/`、`models/`三个子目录，三个子目录中存放的内容如下： ``` pwd |__images/ 模型在训练集和测试集上的loss曲线，准确率曲线 |__logs/ 模型训练过程每一轮在训练集和测试集上的准确率等指标 |__models/ 在测试集上准确率最高的模型的参数文件 ``` ------ ### 3D-ResNet网络的训练流程 1. 运行`train_3d.py`文件即可进行训练，该脚本的使用说明如下： ``` usage: train_3d.py [-h] [--img_root_dir IMG_ROOT_DIR] [--batch_size BATCH_SIZE] [--num_epochs NUM_EPOCHS] [--model_depth MODEL_DEPTH] [--optimizer OPTIMIZER] [--lr LR] [--weight_decay WEIGHT_DECAY] Image classification using 3D ResNet optional arguments: -h, --help show this help message and exit --img_root_dir IMG_ROOT_DIR the absolute path of the top directory of the whole dataset --batch_size BATCH_SIZE batch size, default 4 --num_epochs NUM_EPOCHS the number of epochs to train the model, default 30 --model_depth MODEL_DEPTH the depth of the ResNet, only support [10, 18, 34, 50, 101, 152, 200], default 10 --optimizer OPTIMIZER optimizer to optimize the model parameters, default adam --lr LR learning rate, default 0.001 --weight_decay WEIGHT_DECAY weight_decay, default 0 ``` 其中必选参数只有`--img_root_dir`，改参数代表的是整个数据集的顶层目录。比如下面的命令： ```bash python train_3d.py --img_root_dir /home2/wenyang/guest/data/DIP_data --batch_size 2 --model_depth 10 ``` 就表示利用位于`/home2/wenyang/guest/data/DIP_data`的数据集，训练深度为10的3D-ResNet，且batch size大小取2。 2. 训练的相关结果文件也会保存�