科学计算程序安装指南(Linux)
在科学研究领域,人们智力活动活跃,产生了众多的成果,其中一部分成果以程序的形式
被公 布 出 来 , 便 于 传 播 、 使 用 和 继 续 发 展 。 比 如 , 处 理 电 子 与 核 层 面 信 息 的 ABINIT
(http://www.abinit.org/),处理原子分子层面信息的 LAMMPS(http://lammps.sandia.gov/)等
等。这些程序的存在,一方面避免了一些基础的重复劳动,从而提高了科学研究的效率;另一
方面,由于站在巨人肩上,在它们的基础上人们可以将科研工作进行得更加深入。
然而,由于科研工作的公益性,很多程序是开源的,运行在不同的操作系统(比如
Windows、Mac OS、Linux)上,加之一部分科研工作者(比如低年级的同学)只熟悉 Windows
操作系统的程序安装,使得科研程序的安装成为了利用这些科研程序的拦路虎。由于预编译好
的程序安装相对较为简单,大家也非常熟悉,本文不再赘述,而是重点介绍一下在 Linux 操作
系统下,如何从源代码开始得到可执行程序。
一 编译流程
现代程序大多是由高级程序语言写出来的,比如大家熟悉的 C、C++、Fortran 等等。下面
是一段简单的“Hello world”C++程序代码(http://en.wikipedia.org/wiki/C%2B%2B):
//============================================================================
//文件名称 : HelloWorld.cpp
//描述 : C++写的“Hello World”
//============================================================================
#include <iostream>
using namespace std;
int main() {
cout << "~Hello World~" << endl; // 打印~Hello World~
return 0;
}
这些文字代码最终会被保存为文本文件(HelloWorld.cpp)存储在计算机中。这些文本文件就
是我们通常意义上所说的一个程序的源代码。
有了源代码文件,计算机还不能识别运行,还必须对文本文件进行进一步处理,才能得到