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EMBOSS软件包学习总结推荐.pdf
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EMBOSS 软件包学习总结
EMBOSS 是一个开放源代码的序列分析软件包,它是一组为分子生物学家
所设计的公开且免费软件。通过前几周的学习,已经掌握了一些 EMBOSS 工具
的基本用法,下面作一下简要的总结,并学习几个新的工具。
首先复习一下已经学过的工具。有序列排比分析的 needle、water、dotplot,
可以进行序列的两两排比与作图。 核酸分析工具有 remap、sixpack、dan、einverted、
infoseq、seqret、coderet、plotorf 、getorf 、cpgreport。Remap用来显示核酸序列
的限制性酵切位点及翻译等情况。 Sixpack 是用 6 种阅读框和开放与读框翻译
DNA 序列。 dan 用来计算 DNA 或 DNA 与 RNA 杂交链的熔解温度。 einverted
可以找出 DNA 中的反向重复序列。 infoseq 用来显示序列的概要信息。 seqret命
令是用来改变序列文件的格式。 coderet可以把 gb 文件中的 CDS、mRNA 、蛋白
质序列提取出来, 并且分别建立不同的文件。 plotorf 用图形的形式来预测它的开
放阅读框。 getorf 可以直观的以多种不同的方式显示序列中的开放阅读框,例如
终止子之间、起始和终止子之间等。 Cpgreport 命令可以找出核酸序列中的 CpG
顺序。
蛋白质分析工具有 tmap、pepwheel、pepnet、garnier、pepinfo、pepstats。tmap
用来查看蛋白质是否具有跨膜区。 pepwheel 程序可以对一段 链作螺旋状轮图 ,
从而识别疏水和亲水的区域。 pepnet与 pepwheel功能类似,作的是纵切面的图。
garnier 是一个预测蛋白质序列二级结构的工具, 可以预测 链中螺旋、 摺叠、转
角和卷曲的位置。 pepinfo 能以图形方式显示蛋白质序列中各种不同性质的氨基
酸残基的含量,能够输出两张不同的图。 pepstats统计蛋白质序列中各种氨基酸
残基的含量,结果列出了分子量、氨基酸数量、氨基酸残基的平均分子量、等电
点、电荷、 280 纳米波长下的吸光值等等信息。
然后,又学习了 topo 工具,它能以图形方式显示蛋白质序列的跨膜拓扑结
构。这个工具可以结合 tmap程序使用。 首先用 tmap 预测 链中的跨膜区, 然后
再用 topo 具体显示分析结果。
topo 命令的参数很多, 下面学习几个比较主要的: 首先我们可以用参数给不
同性质的氨基酸设定不同的颜色和形状, 氨基酸的主要类型有 -cys 半胱氨酸、-gly
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