如何使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA分析参考.pdf

使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA分析 本文将指导您使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA分析。该分析方法可用于研究微生物群落结构和多样性。 Step 1: 整理DGGE图谱数据 需要将DGGE图谱数据整理到Excel表格中。格式如下：纵向从上往下为样品编号，条带编号则在第一行从左往右，表格中填入对应条带的相对百分亮度值。 Step 2: 导入DGGE图谱数据 使用Canoco软件进行相关分析。需要将DGGE图谱的条带数据转化为能识别的.dta后缀的文件。具体操作如下： 1. 在Excel表格中，将条带数据连同样品编号和条带编号一起鼠标选择，Ctrl + C拷贝。 2. 然后“开始”-“程序”下找到Canoco的子程序WcanoImp。 3. 点击“Save”弹出对话框，选择条带数据矩阵的保存路径，并给该文件命名。 4. 该文件就是我们后续PCA分析所需要的Canoco软件可识别的条带组成数据。 Step 3: 使用Canoco软件进行PCA数据分析 1. 在“开始”-“程序”下找到Canoco for Windows 4.5。 2. Close Canoco软件弹出的小广告，进入Canoco的分析界面。 3. 点击最左边的符号“”，弹出对话框，选择“Only species dataavailable”。 4. 选择“下一步”，浏览选择上步生成的“spe.dta”数据。 5. 在“Canoco solution file name”一栏中，将“spe.dta”数据的保存路径复制过来。 6. 选择“下一步”，选择“Linear”线性的分析模式下的PCA。 7. 默认，下一步：如果你的不同条带数据差异巨大，可以选择开平方处理下。 8. 选择“完成”，OK，Canoco软件分析完成了。 Step 4: Canoco PCA数据分析结果及绘图 1. 弹出对话框，选择“Analyze”对数据进行分析。 2. 我们可以看到PCA的大体分析结果，如第一轴解释了31.3%的物种组成变化，第二轴解释了46.9-31.3=15.6%的物种组成。 3. 选择“CanoDraw”，开始绘图。 本文指导了使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA分析的步骤。这将有助于研究微生物群落结构和多样性。