"生物信息学复习总结"
本文档提供了生物信息学的总结,涵盖了生物信息学的定义、科研机构及网络资源中心、生物信息学的主要应用、数据库的定义和类型、数据库的更新和维护等方面的知识点。
生物信息学的定义
生物信息学是一门交叉科学,它包含了生物信息的获取、加工、存储、分配、分析、解释等在内的所有方面,综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具来阐明和理解大量数据所包含的生物学意义。
科研机构及网络资源中心
生物信息学的研究机构和网络资源中心包括:
* NCBI(美国国立卫生研究院 NIH 下属国立生物技术信息中心)
* EMBnet(欧洲分子生物学网络)
* EMBL-EBI(欧洲分子生物学实验室下属欧洲生物信息学研究所)
* ExPASy(瑞士生物信息研究所 SIB 下属的蛋白质分析专家系统)
* Bioinformatics Links Directory
* PDB(蛋白质数据银行)
* UniProt 数据库
生物信息学的主要应用
生物信息学的主要应用包括:
* 生物信息学数据库
* 序列分析
* 比较基因组学
* 表达分析
* 蛋白质结构预测
* 系统生物学
* 计算进化生物学与生物多样性
数据库的定义和类型
数据库是存储与管理数据的计算机文档、结构化记录形式的数据集合。生物信息数据库应满足 5 个方面的主要需求:
* 时间性
* 注释
* 支撑数据
* 数据质量
* 集成性
生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库。一级数据库包括基因组数据库、核酸和蛋白质一级结构序列数据库、生物大分子(主要是蛋白质)的三维空间结构数据库。二级数据库是对原始生物分子数据进行整理、分类的结果,是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
数据库的更新和维护
数据库的更新和维护包括:
* 数据的完整性和注释工作量
* 序列数据广,序列注释不够完整
* 库数据面窄,序列注释全面
* 数据库的动态更新:不断增加、不断修正
大型数据库简介
NCBI、EBI、SIB 等大型数据库提供了庞大的一级数据库、大量工具软件和广泛的外链资源。
NCBI 是美国国立卫生研究院 NIH 下属国立生物技术信息中心,提供了庞大的生物信息数据库和分析工具。
EBI 是欧洲分子生物学实验室下属欧洲生物信息学研究所,提供了欧洲生物信息学研究所和欧洲分子生物学网络资源。
SIB 是瑞士生物信息研究所,提供了蛋白质分析专家系统和瑞士生物信息研究所资源。
本文档提供了生物信息学的总结,涵盖了生物信息学的定义、科研机构及网络资源中心、生物信息学的主要应用、数据库的定义和类型、数据库的更新和维护等方面的知识点,为生物信息学的学习和研究提供了有价值的参考资料。