covidseq生物信息分析进化树

新冠病毒做新冠病毒做进进化化树树

2021-01-0415:35:27

1:将下机数据与参考基因组进行比对和变异检测

2:生成全基因组水平的一致性序列参考链接：https://samtools.github.io/bcftools/howtos/consensus-sequence.htmlcat

reference.fa|bcftoolsconsensuscalls.vcf.gz>consensus.fa

3:构建基因组水平的进化树

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/viruses/variation/help/HowTo/#sequence_clustering_and_phylogenetic_analysis

变异检测：Snippy多重序列：MAFF构建进化树：pplacer/iqtree/FastTree/RAxML/Gubbins进化树可视化：Figtree