荧光定量PCR实验指南
荧光定量PCR实验指南是指在PCR实验中使用荧光探针来检测和量化目标基因的表达水平。该实验指南涵盖了荧光定量PCR实验的所有步骤,从基本步骤到技术关键点。
基本步骤:
1. 目的基因(DNA和mRNA)的查找和比对:从NCBI的GenBank中下载所需要的序列,可以使用两种方式下载,一种是直接点击“save”,保存格式为“.txt”文件;另一种是使用DNAstar软件中的Editseq软件,点击“file”菜单中的“import”,打开后点击“save”,保存为“.seq”文件。然后,对所有的序列进行排序,使用DNAstar软件中的Seqman软件,点击“sequence”菜单中的“add”,选择要比较的“.seq”的所有文件,然后点击“assemble”进行比较。
2. 引物和探针设计:引物设计是PCR中最重要的一步,理想的引物对只同目的序列两侧的单一序列而非其他序列退火。引物设计需要考虑多个因素,包括序列选取、扩增片段长度、避免引物自身或与引物之间形成连续配对、避免引物自身形成环状发卡结构、典型的引物长度为18到24个核苷长、Tm值在55-65℃、GC含量在40%-60%等。
3. 反应体系的配制:反应体系的配制需要根据不同的技术需求进行调整,例如Sybr Green I技术对片段长度没有特殊要求,而Taqman探针技术要求片段长度在50bp-150bp。
技术关键点:
1. 目的基因(DNA和mRNA)的查找和比对:在设计引物和探针时,需要对目的基因进行查找和比对,以确保引物和探针的特异性。
2. 引物设计:引物设计需要考虑多个因素,包括序列选取、扩增片段长度、避免引物自身或与引物之间形成连续配对、避免引物自身形成环状发卡结构等。
3. 反应体系的配制:反应体系的配制需要根据不同的技术需求进行调整,以确保实验的可靠性和重复性。
4. 反应条件的设定:反应条件的设定需要根据不同的技术需求进行调整,以确保实验的可靠性和重复性。
5. 反应体系和条件的优化:反应体系和条件的优化需要根据实验结果进行调整,以确保实验的可靠性和重复性。
6. 荧光曲线和数据分析:荧光曲线和数据分析需要根据实验结果进行调整,以确保实验的可靠性和重复性。
7. 标准品的制备:标准品的制备需要根据不同的技术需求进行调整,以确保实验的可靠性和重复性。
荧光定量PCR实验指南涵盖了荧光定量PCR实验的所有步骤,从基本步骤到技术关键点,为实验人员提供了详细的指导和参考。