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PythonforBioinformatics(1)~~介绍[参照].pdf
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PythonforBioinformatics(1)~~介绍[参照].pdf
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Python for Bioinformatics (1)~~ 介绍
第一部分 编程
第一章 介绍
1.1 谁应该读这本书
这本书是写给那些想学习编程的生命科学研究者的, 他可能对计算机编程是弱项, 可是
这并不妨碍理解这本书(虽然编程经验当然有帮助)。
这本书设计对大学生, 研究生, 博士后和职业科学家相关的读者都分别有益, 因为他们
的所有大都可以因为知道怎么编程而受益。
使 得学生在他们早期的职业生涯就开始编程, 可以提高他们的创造力和逻辑思维, 所
有的这些在研究中都可以得到应用。 为了使学生们更容易的学习, 所有的主题都由最小
的前提来介绍。 每一章的后面还附有提问,它们可以用作自我评价读者学习的成果。问
题的答案作为独立的章节可以提供给教师。
研究生和职业科学家具有真正的编程的需要, 应该可以发现若干真实世界的例子和丰
富的参考文献,而这是非常有价值的。
1.1.1 你应该知道些什么
因为这本书叫《为生物信息学设计的 Python 教程》 (Python for Bioinformatics), 所以在
头脑中是基于下面的假设被写出来的:
读者应该知道怎样使用计算机。不需要编程的知识,但是读者需要最低的计
算机熟练程度,能够用文本编辑器,处理操作系统 (OS)中的基本任务。由于
Python 是支持多平台的, 这本书的大多数的指令都可以应用到常用的操作系统
(Windows, Mac Os X 和 Linux),当一个命令或过程只能应用到特定的操作系统
中时,它将被特殊说明。
读者应该正在用生物信息学工具或至少想用它们进行工作,甚至是小规模手
动的工作,诸如用 NCBI 的 Blast 来识别一个序列,排序蛋白质,引物寻找,
或估计系统进化树对重复这里的结果都是有帮助的。 读者对生物信息了解得越
多,他就能够应用这些概念来更好地学习本书。
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1.2 用这本书
1.2.1 Python 版本
有两个 Python 的版本可以被下载: Python 2.6 (也就是 2.x 系列 )和 Python 3 (也就是所
谓的 Python 3000)。Python 3 和 Python 2.x 系列不完全兼容,由于这个原因,现在 (2009
年 )大部分的第三方模块是不可用的。 特别是 Biopython 软件包, 这个对于你计划要做的
生物信息 工作是 “必不可少 ”的。它的开发者预计在 Python 3 中检验它的代码,想移植
它们到 Python3.1 或 3.2 中。最新的 Biopython 版本 (1.5, 此时 )可以在 Python2.4, 2.5 和
2.6 上在所有支持的平台下运行。( 译者注:到翻译这篇文章, Python 有 2.7 版本,是
2.x 最后的一个版本, Biopython 1.8 仍然没有支持 3.0)
这本书教授的 Python 基础可以应用于 Python 的任何版本。如果一个功能是在特定的
版本中不存在,会被适当的注明。所有的这本书的程序都被在 Python2.5 和 2.6 中检测
过,它们都是 “Python 3 aware ”的,也就是说, 虽然因为它们依赖的外部包在现在还没有
被导入系统, 所以它们不工作, 但它们是在头脑中用 Python 3 的句法写成的, 预计可以
当外部包变得可用之后只需要有很小的改动。
如果你的代码不依赖于外部包, 在考虑用哪个版本时, 你可以马上就试 Python 3, 可
是这是一个不可能的局面。 如果你需要的包还没有被移植, 你就应该用 Python2.6, Python
2.x 系列还将继续被支持, 并随着年代的更新, Python2.6 有一个 “-3”的命令行号 (py3K
警告) 来提醒 Python 3K 的不兼容,还有个工具叫 “2to3 ”,可以把 Python2.6 的代码转换
成 Python3 兼容的 Python 代码。(译者注: Python 2.7 也有这些功能。
____________________________________________________________________
1.2.2 排版风格
在整本书中有一些我试图采用的统一的排版规定,它们可以增加可读性,来帮助读
者区分名字(变量名)和语言关键字。这在学习一门新语言时是方便的。
粗体 (bold) :Python 和第三方模块提供的对象。有了这个符号,语言的部分轮廓就
清晰了,区别于用户定义的名字。 粗体也被用来实现突显文本的部分,粗体的应用 没有
机会 与其它进行混淆 。
单行字体( mono-spaced font):用户声明的变量或文件名。
斜体(Italics):在命令中,它表示一个变量,可以采取不同的值。 比如 len(iterable )
中, iterable 可以采用不同的值。用在文章中,它表示一个新词。
<=:间断线 (Break line) ,一些行比印刷页面的可用空间要长,所以插入此符号,这意
味着页面的下一行在计算机屏幕上是同一行。
___________________________________________________________________
1.2.3 代码风格
Python 的源代码是用一些 列表 (listing) 来表示的, 每行有一个数字。 这些数字是不需
要打印出来的, 它们是用来标记文本中的每一行。 所有的代码都在伴随的虚拟机上应用
(注:请参照 DVD 中的介绍来 用这个虚拟机)。所有的代码实例都可以在网上得到,
特别的技巧是用 Pastebin来显示代码。你可以在一个 URL(网址)以 “py3.us/# ”(其 中
#是一个数字) 与每一个这样的列表想连。 你在浏览器上输入这个 URL ,就能得到同本
书相同的代码,这个代码可以用下载 (download)链接的方法从它的 Pastebin上下载。
代码可以被用几种不同的格式写作,这在 python 中都有效。下面的代码在语法上是
正确的:
Dna=?accatcagt?
def MyFunction(X,N):
avG=sum(X)/N
" Calculate the average "
return avG
而这个代码也是正确的
dna = ?accatcagt?
def my_function(x,n):
""" Calculate the average
"""
avg = sum(x)/n
return avg
前面的代码实例是被 Python2.x 最广为接受的编码风格 (注:见原书 553页代码风格) ,
在整本书中,你会发现大多数的代码象第二个例子的格式。
一些本书的代码你将发现不遵守这个原则,有以下几个原因:
在一些情况下,大多数是为讲解代码的冲突,采用了不同风格展示。在这些
很少的情况下,我选择了有偏向性的代码风格是为了使问题更清晰。
因为印刷体书的限制, 一些名字被简写和其它的更偏向少的代码风格被选择采
用。
为了显示有多于一种的方式来写相同的代码, 代码风格是一个参考, 所以一些
编码者不服从它们。你应该学会来阅读 “坏”的代码,因为迟早你不得不阅读别
人的代码。
____________________________________________________________________
1.2.4 不阅读所有的部分学到书中大部分的内容
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czq131452007
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