单机上搭建并行环境.
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更新于2011-06-04
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在单机上搭建并行环境主要是为了利用多核处理器或多CPU资源,通过并行计算提升应用程序的执行效率。这个过程通常涉及到安装、配置并行计算框架,如MPI(Message Passing Interface),以及调整系统设置来支持远程 shell(rsh)服务。以下是详细步骤:
选择合适的Linux发行版,推荐使用RedHat 9。安装必要的软件包,包括:
1. gcc:这是GNU的C编译器,用于编译C语言程序。
2. gcc-g77:这是GNU的Fortran 77编译器,用于编译Fortran程序。
3. rsh包和rsh-server包:它们允许远程执行命令,是MPI进程启动的关键。
在安装rsh-server之前,确保已经安装了xinetd包,可以在rpmfind.net上找到对应的rpm包。然后,以root用户身份执行以下配置步骤:
1. 编辑`/etc/hosts.equiv`文件,添加本机主机名,确保其独占一行。
2. 启用rsh服务,使用命令`/sbin/chkconfig rsh on`,然后重启机器。
3. 测试rsh配置,以非root用户身份运行`rsh 主机名/bin/hostname`,如果显示正确,表示配置成功。
接下来是安装MPICH,它是实现MPI的一种开源实现:
1. 从官方网址下载MPICH的最新源代码,例如mpich-1.x.x.tar.gz。
2. 解压缩源代码,使用`tar xzpvf mpich-1.x.x.tar.gz`。
3. 配置并编译MPICH,进入源代码目录并执行`./configure -prefix=/usr/local/mpi --disable-weak-symbols`。`--disable-weak-symbols`参数是为了避免版本1.2.5的一个已知问题。
4. 以root身份执行`make install`来安装MPICH,它会把文件安装到`/usr/local/mpi`目录下。
5. 更新环境变量,将`/usr/local/mpi/bin`和`/usr/local/mpi/man`添加到`PATH`和`MANPATH`中。在`/etc/profile.d`目录下创建`mpich.sh`和`mpich.csh`文件,分别对应Bourne shell和C shell,并设置相应的环境变量。
6. 重启终端,使用`echo $PATH`和`echo $MANPATH`检查环境变量是否已更新。如果没有,请检查创建的两个文件内容。
测试MPICH安装是否成功,可以运行示例程序:
- 对于C程序,复制`/usr/local/mpi/examples/cpi.c`到当前目录,使用`mpicc`编译,然后运行`mpirun -np 1 cpi`和`mpirun -np 2 cpi`。
- 对于Fortran程序,复制`/usr/local/mpi/examples/pi3.f`,使用`mpif77`编译,然后同样使用`mpirun`运行。
以上步骤完成后,单机上的并行环境就搭建完毕,可以开始编写和运行MPI程序进行并行计算了。在进行多进程通信时,确保所有设置正确无误,以免影响并行性能。