# Brain-Stomach-Synchronization
Here is the code the mismatch test used in manuiscript _Phase-locking of resting-state brain networks with the gastricbasal electrical rhythm_, which uses PLV between different days as surrogate data and apply two sample Wilcoxon rank test.
`main.R` contain codes for getting statistics and generating plots. Notice that data is not attached in this repo, one should prepare and load the Hilbert transformed data, please consult `utility.R` for help.
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胃基底电节律对静息态脑网络的锁相
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2022-03-10
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胃体中的 Cajal 肌间质细胞网络充当其“起搏器”,持续产生约 0.05 Hz 的慢电波,主要通过迷走神经传入大脑。 最近的一项研究将静息状态功能 MRI (rsfMRI) 与并发表面胃电图 (EGG) 相结合,将皮肤电极放置在上腹部,发现 12 个大脑区域的活动与这种胃基础电节律显着锁相。 因此,我们询问使用空间独立成分分析 (ICA) 方法估计的大脑静息状态网络 (RSN) 的波动是否可能与胃同步。 在本研究中,为了确定是否有任何 RSN 与胃节律锁相,个体参与者接受了 22 次扫描。 在每一个中,获得了两个 15 分钟的并发 EGG 和 rsfMRI 数据。 来自三个会话的 EGG 数据具有微弱的胃信号,被排除在外; 其他 19 个会话总共产生了 9.5 小时的数据。 使用 ICA 组分析 rsfMRI 数据; 估计 RSN 时间课程; 对于每次运行,计算每个 RSN 和胃信号之间的锁相值 (PLV)。 为了评估统计显着性,来自所有“不匹配”数据对(在不同日期获取的 EGG 和 rsfMRI 数据)的 PLV 被用作替代数据,以生成每个 RSN 的零分布。 在总共 18
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brain-stomach-synchronization.zip (26个子文件)
brain-stomach-synchronization
.gitignore 584B
Phase-locking of resting-state brain networks with the gastric basal electrical rhythm.mhtml 1.27MB
utility.R 1KB
README.md 490B
result
summary.csv 2KB
plv_mriegg_ds.csv 753KB
image
RSN_SAL.png 94KB
RSN_EXEC_r.png 97KB
RSN_AUD1.png 92KB
RSN_ATTN_dor.png 89KB
RSN_EXEC_l.png 96KB
RSN_SMOT_ven.png 96KB
RSN_AUD3.png 96KB
RSN_SMOT_dor2.png 94KB
RSN_VIS_a.png 95KB
RSN_SMOT_dor1.png 98KB
RSN_DMN_c.png 93KB
RSN_VIS_b.png 92KB
RSN_DMN_b.png 93KB
combined_density_fdr.png 106KB
RSN_AUD2.png 95KB
RSN_DMN_a.png 91KB
RSN_CB.png 95KB
RSN_ATTN_ven2.png 96KB
RSN_ATTN_ven1.png 99KB
main.R 4KB
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