3.2.3 Resampling the Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75
3.2.4 Displaying an Isosurface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
3.2.5 Cropping the Data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
3.2.6 Volume Rendering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
3.3 Combined 3D and 2D views with Ortho Views (Avizo) . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
3.3.1 Quick start . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
3.3.2 Manage combined 3D and 2D views with Ortho Views . . . . . . . . . . . . 87
3.4 Intensity Range Partitioning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
3.5 Segmentation of 3D Images . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96
3.5.1 Interactive Image Segmentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 97
3.5.2 Volume and Statistics Measurement . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
3.5.3 Threshold Segmentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
3.5.4 Refining Threshold Segmentation Results . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
3.5.5 More Hints about Segmentation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
3.6 Deconvolution for light microscopy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
3.6.1 General remarks about image deconvolution . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
3.6.2 Data acquisition and sampling rates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
3.6.3 Standard Deconvolution Tutorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
3.6.4 Blind Deconvolution Tutorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
3.6.5 Bead Extraction Tutorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
3.6.6 Performance issues and multi-processing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 120
4 Creating image processing workflow for image data 125
4.1 Image Stack and Volume Processing Tutorial . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
4.1.1 Main rules of the workroom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
4.1.2 Access the workroom . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
4.1.3 Use the viewers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
4.1.4 Add and modify steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
4.1.5 Change a reference . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 134
4.1.6 Insert steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
4.1.7 Inspect a different slice of the data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
CONTENTS iii
