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linux命令大全.pdf
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#!/bin/sh
#PBS -N cp
#PBS -o cp.out
#PBS -e cp.err
#PBS -q medque
cd /share_bio/panfs/zengchq/liumj
解压缩.tar.gz文件: tar -zvxf
解压缩.gz 文件: gunzip
解压缩.zip 文件:unzip
看磁盘已用空间: du --max-depth=1 -h
1、打印文件的第一列(域) : awk '{print $1}' filename
2、打印文件的前两列(域) : awk '{print $1,$2}' filename
3、打印完第一列,然后打印第二列 : awk '{print $1 $2}' filename
4、打印文本文件的总行数 : awk 'END{print NR}' filename
5、打印文本第一行 :awk 'NR==1{print}' filename
6、打印文本第二行第一列 :sed -n "2, 1p" filename | awk 'print $1'
shell 里面的赋值方法有两种,格式为
1) arg=`(命令)`
2) arg=$(命令)
因此,如果想要把某一文件的总行数赋值给变量 nlines,可以表达为:
1) nlines=`(awk 'END{print NR}' filename)`
或者
2) nlines=$(awk 'END{print NR}' filename)
############替换
sed -i 's/ //t/g' novel_snv_edit.txt ############-i 在原文件替换
.tar
解包:tar xvf FileName.tar
打包:tar cvf FileName.tar DirName
(注:tar 是打包,不是压缩!)
———————————————
.gz
解压 1:gunzip FileName.gz
解压 2:gzip -d FileName.gz
压缩:gzip FileName
.tar.gz 和 .tgz
解压:tar zxvf FileName.tar.gz
压缩:tar zcvf FileName.tar.gz DirName
———————————————
.bz2
解压 1:bzip2 -d FileName.bz2
解压 2:bunzip2 FileName.bz2
压缩: bzip2 -z FileName
.tar.bz2
解压:tar jxvf FileName.tar.bz2
压缩:tar jcvf FileName.tar.bz2 DirName
———————————————
.bz
解压 1:bzip2 -d FileName.bz
解压 2:bunzip2 FileName.bz
压缩:未知
.tar.bz
解压:tar jxvf FileName.tar.bz
压缩:未知
———————————————
.Z
解压:uncompress FileName.Z
压缩:compress FileName
.tar.Z
解压:tar Zxvf FileName.tar.Z
压缩:tar Zcvf FileName.tar.Z DirName
———————————————
.zip
解压:unzip FileName.zip
压缩:zip FileName.zip DirName
———————————————
.rar
解压:rar x FileName.rar
压缩:rar a FileName.rar DirName
———————————————
.lha
解压:lha -e FileName.lha
压缩:lha -a FileName.lha FileName
———————————————
.rpm
解包:rpm2cpio FileName.rpm | cpio -div
———————————————
.deb
解包:ar p FileName.deb data.tar.gz | tar zxf-
———————————————
.tar .tgz .tar.gz .tar.Z .tar.bz .tar.bz2 .zip .cpio .rpm .deb .slp .arj .rar .ace .lha .lzh .lzx .lzs .arc .sda .sf
x .lnx .zoo .cab .kar .cpt .pit .sit .sea
解压:sEx x FileName.*
压缩:sEx a FileName.* FileName
sEx 只是调用相关程序,本身并无压缩、解压功能,请注意!
gzip 命令
减少文件大小有两个明显的好处,一是可以减少存储空间,二是通过网络传输文件时,可以
减少传输的时间。gzip 是在 Linux 系统中经常使用的一个对文件进行压缩和解压缩的命令,
既方便又好用。
语法:gzip [选项] 压缩(解压缩)的文件名该命令的各选项含义如下:
-c 将输出写到标准输出上,并保留原有文件。-d 将压缩文件解压。-l 对每个压缩文件,显
示下列字段: 压缩文件的大小;未压缩文件的大小;压缩比;未压缩文件的名字-r 递
归式地查找指定目录并压缩其中的所有文件或者是解压缩。 -t 测试,检查压缩文件是否完
整。-v 对每一个压缩和解压的文件,显示文件名和压缩比。-num 用指定的数字 num 调整
压缩的速度,-1 或 --fast 表示最快压缩方法(低压缩比),-9 或--best 表示最慢压缩方法(高
压缩比)。系统缺省值为 6。指令实例:
gzip *% 把当前目录下的每个文件压缩成 .gz 文件。gzip -dv *% 把当前目录下每个压缩的文
件解压,并列出详细的信息。gzip -l *% 详细显示例 1 中每个压缩的文件的信息,并不解压。
gzip usr.tar% 压缩 tar 备份文件 usr.tar,此时压缩文件的扩展名为.tar.gz。
###################R 语言 删除重复值
index<-duplicated(data.set$Ensembl.Gene.ID)
##################解压到指定文件夹
tar zxvf mysql.tar.gz-C /home/aaa
###############设置环境变量
CSH:setenv bash:export
export PATH=......
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