pymol教程-09.7.23.pdf

《PyMOL用户指南》是山东大学生命科学学院lswang lab提供的教程，旨在帮助用户了解和掌握分子可视化软件PyMOL的使用方法。本文将详细介绍PyMOL的基础操作、命令行操作、命令句法、原子选择、卡通表示、光线追踪、立体效果、动画制作、高级鼠标控制、晶体应用以及CGO和Molscript ribbons等内容。 一、鼠标操作入门 1. 启动PyMOL可以通过鼠标点击开始菜单中的程序或通过命令行执行安装路径下的PyMOLwin.exe。 2. PyMOL窗口包括Viewer窗口和外部GUI窗口，Viewer用于显示分子模型，而GUI包含菜单、按钮等交互元素。 二、命令行操作入门 1. 记录结果和载入数据可以在命令行中实现。 2. 操控对象，如原子选择、对象着色、开关等，可以通过命令行进行。 3. 改变视点、保存工作（包括脚本、日志、图像和会话文件）也是命令行的重要功能。 4. 命令行快捷键如TAB键的使用可以提高效率。 三、命令句法和原子选择 1. 选择表达式、原子选择命名、单字选择符、属性选择符和选择代数构成了PyMOL的命令语法。 四、卡通表示 1. 背景信息，如可达性和美化精确性，影响卡通的展示效果。 2. 可以通过定制卡通类型和螺旋细节来个性化展示。 五、光线追踪 1. 设置光线追踪参数可提升图像质量，保存图片时可选择不同格式。 六、立体效果 1. PyMOL支持多种立体模式，用户可以制作立体图片并使用特定命令进行调整。 七、动画 1. 动画制作涉及关键帧、矩阵和序列，通过Load、Mset、Mdo等命令实现。 2. 动画预览和保存也是重要的步骤。 八、高级鼠标控制 1. 高级操作包括原子和键的选择，pk原子选择的应用，lb和rb选择，以及构象编辑。 九、晶体应用 1. PyMOL可以处理晶体对称性，通过Load和Symexp命令进行操作。 2. 电子密度图的加载和表示，如Isomesh和isodot。 十、CGO和Molscript ribbons 1. CGO（Composite Graphic Objects）和Molscript ribbons用于创建复杂的图形对象，提供更多的视觉表现方式。 本教程适用于Windows系统下的PyMOL edu1.1版本，对于新手提供了基础操作的引导，但深入研究则需要查阅更多资源，如PyMOL命令帮助、PyMOLwiki等。随着软件的更新，教程也会同步更新，确保用户获取最新的信息。