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pymol教程-09.7.23.pdf
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》》》PyMOL 用户指南 《《《 09.7.23
山东大学 生命科学学院 lswang lab
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PyMOL 用户指南
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一、 鼠标操作入门 3
(
这个数字是超链接,
ctrl+
左键
)
1. 启动 3
1) 通过鼠标 3
2) 通过命令行 3
2. PyMOL 窗口 3
1) Virewer 窗口 4
2) 外部 GUI 窗口 5
3. 下载 PDB 文件 5
4. 操控视图 5
1) 基本鼠标控制 6
2) 虚拟滚动球旋转 6
3) 移动截面 7
4) 改变旋转中心点 8
5) 简单回顾 8
二、 命令行操作入门 8
1. 记录结果 8
2. 载入数据 9
3. 操控对象( Object)9
1) 原子选择 10
2) 对象和选择的着色 11
3) 对象和选择的 on/off11
4. 改变视点 12
5. 保存工作 12
1) 脚本和日志文件 12
2) 图像文件 13
3) 会话文件 13
6. 命令行快捷键 13
1) 用 TAB 键完成命令 13
2) 用 TAB 键完成文件名 14
3) 自动推理 14
7. 其他命令和帮助 14
三、 命令句法和原子选择 14
1. 语法 14
1) 选择表达 15
2) 原子选择命名 15
3) 单字选择符
4) 属性选择符 17
5) 选择代数 18
注:页面背景和页脚的图像分别是 1GCL、111D 的 cartoon 显示
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6) 宏指令 20
2. 从 PyMOL 中读取 Python 21
四、 卡通表示 21
1. 背景 21
1) 可达性 21
2) 美化和精确 22
2. 定制化 24
1) 卡通类型 24
2) 精美螺旋 27
3. 二级结构归属 28
五、 光线追踪 29
1. 重要设置 29
2. 保存图片 30
六、 立体效果 30
1. 支持的立体模式 30
2. 制作立体图片 30
3. 相关命令 30
七、 动画 30
1. 概念 30
2. 重要命令 31
1) Load
2) Mset
3) Mdo
4) Mmatrix
3. 简单举例 32
4. 复杂举例 32
5. 预览 ray-traced 动画图片 32
1) Cache_frames
2) mclear
6. 保存动画 33
八、 高级鼠标控制 33
1. 选择原子和键 33
2. ― pk‖原子选择的应用举例 34
3. ― lb ‖和― rb ‖选择 34
4. 构象编辑 34
九、 晶体应用 34
1. 晶体对称性 34
1) Load
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2) Symexp
2. 电子密度图 35
1) Load
2) Isomesh 和 isodot
十、 汇编图形对象( CGO)和 Molscript ribbons 35
1. 简介 35
2. Molscript ribbons 35
1) Load
2) Using Molscript
3. 创建 CGOs 36
4. CGO 参考 37
NOTES:
本教程以 PyMOL user ’s guide 为蓝本翻译而来,并引用了其他资料。
本教程只介绍 PyMOL 在 windows 系统下的应用
本教程以 edu1.1 版本的 PyMOL 为准,大硬盘中有此软件
本教程是 PyMOL 的入门教材,故相关问题只是简单介绍而没有深入讲解
如果你有疑问或者想深入研究,可通过输入命令 help,查看《 PyMOL 命令》,登陆 PyMOLwiki
(http://PyMOLwiki.org )或咨询他人等途径解决疑难
本教程极少的命令可能在你的 PyMOL 上运行不了,大多是版本问题
译者知识水平有限,可能有不当甚至谬误之处,敬请指正!
本教程不断更新,最新版以文件名和页眉的日期为准。
一、 鼠标操作入门
1. 启动
1) 通过鼠标
打开开始菜单,在程序或所有程序中找到 PyMOL 并单击。
2) 通过命令行
在 Windows 下,打开文件和脚本有多种命令选项。
一般地,在 ―运行 ‖或―命令提示符 ‖中输入:
c:\program files\delano scientific\PyMOL\PyMOLwin.exe
如果 PyMOL 没有按默认路径安装,那么就输入正确的驱动器名和路径。
2. PyMOL 窗口
PyMOL 一般打开两个窗口: Viewer 窗口和外部( Tcl/TK )GUI 窗口。如下图所示:
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PyMOL 的两个窗口
GUI 是图形用户界面 (Graphical User Interface )的缩写 ,由菜单、 按钮、 正文框和其他小工具构成。
PyMOL 默认有两个 GUI :内部 GUI 在 Viewer 窗口内显示;外部 GUI 在它自己的窗口显示。之所
以这样的原因既烦琐又专业,但我们知道两个 GUI 最终会统一为一个界面。
1) Viewer 窗口
PyMOL 的 Viewer 是 PyMOL 系统的心脏。这是一个开放式图形语言( OpenGL )窗口,所有的 3D 图形
在此展示,并且用户可直接操纵这些图形。
PyMOL 的 Viewer 窗口和内部 GUI (默认)
窗口内右边的内部 GUI 可使用户对特定对象( object)和特定原子选择( atom selection 注意:原子选择
是用户选择了的原子、残基、链、片段、对象等等,相对 object 而言)进行操作。从上到下,内部 GUI 包
括对象列表、鼠标按钮配制矩阵、结构指示器和一套 VCR (动画控制) 。
窗口底部还有一个命令输入区。 在 Viewer 窗口也能查看 PyMOL 的文本输出 (text output ),任何时候都
可以按 ESC 在文本输出和图形模式间进行切换。
Viewer 完全可以自己运行,它拥有 PyMOL 核心系统的全部功能。如果想这样的话, 完全可去除命令和
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内部 GUI 。通过标准菜单和控制,许多任务能更简单高效的完成。在外部 GUI 可以找到绝大部分的功能选
项。
2) 外部 GUI 窗口
默认的 Tcl/TK 外部 GUI
默认状态下,外部 GUI 包括标准菜单栏、输出区、命令输入区和一系列按钮。外部 GUI 窗口的一个好
处是能够对正文进行剪切和粘贴,而在 Viewer 中却没有此功能。另外,必须用 Ctrl-X 、Ctrl-C 和 Ctrl-V 进
行剪切、复制和粘贴操作,因为在标准编辑菜单中没有这些功能。
3. 下载 PDB 文件
通过外部 GUI 菜单:默认的外部 GUI 在 File 菜单有 Open 选项,可由此打开选择的文件。
通过命令:
语法 load <filename> #载入本地存在的 PDB 文件
fetch <object> #直接从网上下载,不用加后缀
例如 load test/dat/pept.pdb
fetch pept
载入 pdb 文件后的 PyMOL
4. 操控视图
在 PyMOL 中,鼠标是主要的控制设备,键盘的修饰按键( SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL )在调整按钮操
作时使用。为了有效使用 PyMOL ,建议选择带有三个按键的鼠标。
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