使用R语言对两组数据进行wilcox检验的循环脚本_for_wilcox.zip

# wilcox自动循环 本脚本为方便进行wilcox批量循环所写。 ## 使用方法 使用`source()`函数导入此脚本，如放置在项目下的bio目录，则运行`source("bio/for_wilcox.R")`即可载入脚本直接使用。 也可以在Rstudio中打开此脚本，运行脚本内的`function()`函数进行载入。 ## 数据要求 ### data数据要求 输入数据的示例数据为`data1`，`data2`。其中数据格式为，行为**gene**，列为**sample**，请保证数据框内没有**非numeric数据**。 ### group数据要求 输入分组示例数据为`group_AHR`，其所需要的两列分别为**sample_ID**和**group**列，其中**group**列是必需的，**sample_ID**列为建议。 **sample_ID**存放sample_ID，**group**存放对应的分组信息。 `for_wilcox()`函数将通过`rawname(group)`来读取sample_ID，通过`group[,by]`来读取group信息。 其中，`group[,by]`的参数**by**列名可使用`for_wilcox()`中的**by**参数进行选择。 by参数的默认值为*group*。 需注意： + **sample_ID**需与`data1`和`data2`的*colnames*对应。 + **group**列建议转化为factor格式，并检查level的顺序，使得实验组在前，对照组在后。转化factor的函数为`factor(group_AHR$type,levels = c("AHR","NO_AHR"))` ## 参数说明 + `data_1` 数据1 + `data_2` 数据2 + `group` 分组信息 + `by` 分组信息列名 + `wilcox_exact` wilcox.test中exact开关控制 + `use_adjust_p` 是否进行pvalue的矫正 + `p_adj_method` adjp方法 + `logFC_cut_off` logFC的cutoff值设置 + `dir` 结果目录 ### 其他 初期版本并未添加WARNING和ERROR提示，请严格按照数据要求使用。 ## 测试代码 测试代码： ```R test <- for_wilcox(data_1,data_2, group = group_AHR, by = 'type', dir = "result/AHR/") ``` ## 结果说明 `for_wilcox()`函数运行后会返回一个list结果，其数据结构为： ```R result <- list(all = result_all, fill_pvalue = subset(result_all,result_all$pvalue < 0.05), up = subset(result_all,result_all$pvalue < 0.05&result_all$logFC > 0), down = subset(result_all,result_all$pvalue < 0.05&result_all$logFC < 0)) ``` 其中 + `result$all`存放的是全部的差异分析结果 + `result$filter_pvalue`存放的是根据选择，对pvalue或adjpvalue < 0.05 进行筛选后的结果 + `result$filter_pvalue_cutoff`在`result$filter_pvalue`的基础上，根据`logFC_cut_off`的设置，进行logFC的筛选 + `result$up`存放的是p value < 0.05且logFC > 0的结果 + `result$down`存放的是p value < 0.05且logFC < 0的结果 + `result$data`存放的是data_1和data_2的list + `result$group`存放的是`group`数据框 + `result$wilcox.test_exact`存放的是logical value，表示是否采用exact，默认*NULL* + `use_adjust_p` logical value，表示是否对pvalue进行矫正，默认*TRUE* + `logFC_cutoff`表示logFC的cutoff值为多少，默认*0* + `p_adj_method`表示pvalue的矫正方法，默认*fdr* ## 更新记录 ### V1.0.2 + 增加logFC的cutoff值设置，增加参数`logFC_cut_off`，默认为*0*。 + 增加p值矫正开关，增加参数`use_adjust_p`，默认为*TRUE*。 + 增加任务进度显示条，显示当前进程和总进程数，以及预计完成时间。（依赖**progress**包） ### V1.0.1 + 增加p值矫正功能，增加参数 `p_adj_method`，默认为*fdr*方法。 + 增加`wilcox.test()`中的`exact`选项开关，增加参数 `wilcox_exact`，默认为*NULL*。 ### v1.0 首次提交，包含示例数据`data_1.rdata`、`data_2.rdata`和`group_AHR.rdata`，以及函数文件`for_wilcox.R`。